Webmaster Tools и Google Analytics — инструменты совершенно разного назначения. И в Webmaster Tools не получишь те отчеты, которые можно сформировать в Google Analytics.
Вот что написано в справке по функции: Среднее время загрузки страницы: время (в секундах), которое требуется для загрузки страницы, начиная с запуска просмотра (т. е. с нажатия на ссылку) и заканчивая полной загрузкой страницы в браузере.
Т.е. получается, что время генерации страницы на сервере тоже учитывается: "с нажатия на ссылку и заканчивая полной загрузкой страницы в браузере"
Отслеживание скорости загрузки страниц на сайте