Разве можно отдельные ресурсы автолоадить через .ini? Насколько я знаю там только префиксы можно определять. Если ошибаюсь — было бы интересно узнать про автолоад ресурсов через .ini.
Это все про __autoload, только улучшеный.
Например, по умолчанию App_Model_Class должен лежать здесь — app/model/class.php, но если он лежит здесь app/models/class.php — то добавив несколько строк, как написано в статье он будет автолоадится и из app/models/class.php.
Все это конечно можно писать в __autoload, но в случае с коммандной разработкой у вас может не быть прямого доступа к нему.
Т.е. писать лишний код, который будет раздувать проект только из-за того, что кому-то захочется написать вместо models вместо model? Да и set_include_path еще не отменял никто.
Autoloading in Zend Framework (Автозагрузка классов в Zend Framework)