На мой взгляд лучшая IDE для Perl. И как все достойное, оно стоит денег. :-)
Сам использую бесплатный Komode Edit. При желании его функционал можно расширить с помощью тех же расширений.
Кстати, о расширениях.
Лично я пользуюсь вот этими:
Aero Theme — внешний вид под Windows становится намного приятнее
NST — показывает иерархию кода
TODO helper — показывает в отдельном окошке все комменты TODO/FIXME
Komodo IDE 6 Settings