Например чтобы в $config['permitted_uri_chars'] = 'a-z а-я 0-9~%.:_\-'; не прописывать спец. символы которые не нужны для роутинга на сайте, или для того чтобы добавить длинные параметры (-n «Пётр Иванович»), писать их в произвольном порядке…
Короче немного больше свободы чтобы было + стандартный для CLI интерфейс взаимодействия.
CodeIgniter Command Line library — небольшой ассистент для работы с CLI