Ну, вообще-то вышли с тех пор уже. Но тот базис который был в версии 1.8.7 достаточен для меня, а незачем следить за новыми версиями (тем более существенно в этой части ничего не изменится).
Что касается, других операционок — я лично ничего не пишут под другие и не собираюсь. Если будут желающие помочь и развить это дело — то просто нужно это будет написать заново. Поддержка других операционок в VMD делалось через директивы препроцессора — получается перепутанный код, поэтому если и делать то по другому. Кстати да — не используйте директивы препроцессора — ваш код становится не наглядным и запутанным.
90% кода который я видел по работе с ДНК/РНК был заточен под Unix. Да и сам работая более 10 лет под Linux не вижу смысла приложений под Windows. Это я написал для того, что бы было понятно — развивать такое ПО и не поддерживать Linux не слишком правильно.
Почему для Unix? Тут всё просто когда глянете на Топ500 супер компьютеров.
Кроме того если применительно к Linux то это и Free Software которое близко по духу к научной работе.
ЗЫ ну и Ubuntu/Mac OS X трудно назвать вчерашним веком.
ЗЫ2 если опять конкретизируем до ядра Linux то увидим что он эволюционирует крайне быстро, подстраиваясь под современные реалии и тенденции.
Поверьте — это дело вкуса.
Я вот как правило разрабатываю на Python и использую просто расширенные редакторы типо Kate или Sublime Text, среды на дух не переношу (т.е. монструозные IDE).
Хотя есть тот же Eclipse, NetBeans, KDevelop и всё это всё же с С++ (который я гораздо больше люблю чем Java )
Тот же Линус как программировал так и программирует на MicroEmacs.
История одного реинжиниринга или RNAInSpace v.1.3. Demo