У меня stack trace не ложился, я запускал свой нативный код в отдельном бинарнике (для поддержки работы в режиме рута). Впрочем, не уверен что ndk-gdb стал бы работать в моём случае.
По моему как минимум для работы с NDK намного проще поставить какой нибудь дистрибутив линукса и спокойно работать в нем без всех этих танцев с бубном…
Отладка нативного кода Android NDK в Windows