мои 5 копеек:
собирал на ubuntu 13.04 — стали вылезать какие-то поломанные зависимости (postgis хочет libgdal1h, а mapnik — libgdal1) в итоге postgis поставил из пакетоы, а собрал мапник из исходников — заработало
и можно в generate_tiles.py не хардкодить пути, а задавать их через переменные окружения — MAPNIK_MAP_FILE и MAPNIK_TILE_DIR
Установка и настройка генератора тайлов на основе OSM данных в Ubuntu или Debian