Кстати я столкнулся с этой проблемой когда стал использовать gdaldem для визуализации цифровой модели рельефа, получались неприятные пятна на месте этих «дыр», инструмент gdal_fillnodata конечно помог, но приятно когда кто-то уже сделал интерполяцию за тебя. Вот тот набор данных о котором вы говорили gis-lab.info/data/srtm-tif/ Там и скрипт для закачки есть уже.
Исходя из этого соглашения данные SRTM (1 arc-second для США и 3 arc-second остальные) распостраняются как unrestricted. Насколько я понимаю, это подразумевает возможность использования в коммерческом ПО
Цифровая модель рельефа с использованием SRTM данных