![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/6a9/c65/bee/6a9c65beeaa6e14e6057d19a1ebc4798.png)
Так уж получилось, что до того, как стать физиком, я хотел быть программистом. Не сложилось, но тяга писать программки не прошла. Как результат — за 15 лет работы в науке, было написано приличное количество разнообразного прикладного софта. Конечно, большая часть была совершенно одноразовой, и мотивацией для ее написания была фраза из мультика — «лучше день потерять, потом за пять минут долететь». Но некоторые вещи оказались долгоиграющими, пошли «в народ», кое-что даже продается. Для продажи этого «кое-чего» даже был создан сайт, ориентированный на «заграницу», но это было сделано больше ради эксперимента, а не с целью заработать какие-то реальные деньги, тем более что софт по большей части очень специфический, и спрос на него не велик. Но хватит о коммерции.
Я бы хотел совершенно безвозмездно поделиться частью своих наработок (тем, что не очень стыдно показать) с хабрасообществом, в надежде, что они могут оказаться полезными для молодых (и не очень) ученых, аспирантов и студентов, и кто-то сможет использовать их в своей работе. Вашему вниманию предлагается следующее (в порядке возрастания специфичности):
- SciRef — менеджер цитирований.
- AFM Vision — удобная визуализация данных атомно-силовой микроскопии.
- Raman 2D — построение карты распределения интенсивности Рамановского излучения.
- X-Ray Calc — симуляция рентгеновской дифракции тонких пленок.
Подробное описание возможностей, скриншоты (много) и ссылки — под катом.
Менеджер цитирований SciRef
Это, пожалуй, наименее специфический софт из упомянутого выше, который может использоваться не только физиками, но и специалистами из других областей (биология, химия и т.д.). Желание сделать свой велосипед появилось как результат неудовлетворенности имевшимися в то время бесплатными и не очень приложениями — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки их. Но в одних случаях останавливала цена, в других — недостатки интерфейса, в третьих — недостаток или, наоборот, избыток функций. На тот момент у меня уже был трехлетний опыт разработки MyHomeLib, поэтому было решено написать такой менеджер, который бы максимально устраивал меня по идеологии и функционалу. При этом интенсивно использовались интерфейсные наработки из MyHomeLib, что существенно ускорило процесс. Вот что получилось в результате:
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/372/841/8a5/3728418a5e3b4736c971ab988648ea9d.png)
Основные возможности:
- Каталогизация ссылок (включая не только библиографическую информацию, но и файлы статей)
- Поддержка самых ходовых форматов обмена библиографической информацией (RIS, ENW, NBIB)
- Встроенный просмотр pdf и djvu
- Интеграция с MS Word
- Гибкая настройка стилей для списка цитат
- Многоуровневая группировка статей
- Локальный поиск по библиографическим данным
- Возможность легко создавать бекапы данных
Чтобы это не выглядело как проделки маркетологов, я просто опишу использование SciRef при подготовке статьи.
Итак, пункт первый: формирование базы цитирований. Наиболее занудная часть, которая больше всего пугает новых пользователей подобного софта. Конечно, данные можно долго и нудно вводить руками, но к счастью, есть более простой метод. Сейчас у подавляющего большинства журналов можно скачать библиографическое описание статей в одном из упомянутых выше форматов. Поэтому алгоритм заполнения базы выглядит следующим образом: находим нужную статью на Google Scholar, переходим на сайт журнала, жмем «Download citation», открываем скачанный .ris файл в SciRef. Повторяем для всех нужных статей. На этом этапе имеет смысл создать в SciRef группу, и добавлять свежие ссылки туда. Это очень облегчает жизнь, когда количество статей в базе переваливает за сотню. Также на этом этапе можно добавить и текст статьи. SciRef умеет как «пристегивать» локальные файлы, так и скачивать их самостоятельно (в зависимости от издательства и наличия у вас доступа).
Вкладка «Группы»:
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/b16/9ba/aef/b169baaefef90f50f0d0821c0e78fde3.png)
Пункт второй: Написание текста статьи и добавление в нее цитат. Тут все просто — пишем текст в MS Word, в нужный момент выделяем ссылку в SciRef, жмем кнопку «Добавить в MS Word». Ссылка вставляется как стандартный вордовский объект. Хинт: чтобы ссылка в документе выглядела красиво (это так: [1]), нужно в самом Word задать стиль ссылок IEEE 2006. Потом пишем дальше, вставляем ссылки и так до конца. При вставке нескольких ссылок подряд, они будут выглядеть так [1][2][3], пусть вас это не смущает, исправим это позже.
Преимущество использования стандартных ссылок Word состоит в том, что он сам позаботится о правильном порядке нумерации. Т.е. если возникнет необходимость поменять местами пару абзацев текста, или добавить ссылку в начале — не нужно беспокоится о правильной нумерации, все перестроится автоматически.
Пункт третий: Добавляем список цитирований в документ. Тут тоже все просто: переходим на последнюю страницу Word, потом возвращаемся в SciRef. Выбираем нужный стиль в зависимости от целевого журнала, и просто жмем «Insert bibliography». При необходимости, формат списка можно гибко настроить в менеджере стилей. Вот пример списка для Nano Letters:
(1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014, 14, 2536–2540.
Ну и, наконец, Пункт третий: финальная обработка. Перед самой отправкой статьи в редакцию, нужно преобразовать вордовские объекты-ссылки в текст, заодно объединить последовательности [1][2][3] в более приятное редакторскому глазу [1–3]. Делается это одной командой — «Convert objects to text». Все готово.
Это далеко не все возможности SciRef, но самые основные. Остальное я постарался подробно изложить во встроенной справке.
Напоследок, важное замечание про «сколько это стоит». Программа распространяется как shareware с 60-дневным триалом. Но: SciRef совершенно бесплатна для пользователей ex-USSR. Если у вас в системе русская или украинская локаль- просто пользуйтесь и все. Если нет — напишите мне в ЛС, я пришлю ключик.
Прямая ссылка. (8 mb)
Теперь, коротко, об остальном.
AFM Vision
Небольшая утилитка для визуализации данных атомно-силовой микроскопии (AFM)/ Основная задача — подготовка 2D и 3D изображений, которые не стыдно вставить в статью. Заточена под форматы данных микроскопов Seiko (.iqt) и Park Systems (.txt). Но, помимо этого, поддерживает импорт из gray-scale bmp, что позволяет загрузить любые данные. В этом случае нужно будет только указать минимальный и максимальный уровень высоты.
Основная вкладка:
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/aea/1fb/64b/aea1fb64b6db81937f943697657424fa.png)
Можно поменять уровни, немного отфильтровать, посмотреть вертикальное и горизонтальное сечение (профиль) в любом месте. Профили можно сохранить в текстовом формате или скопировать в буфер.
Вкладка 3D:
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/628/8b4/46c/6288b446caac46f41a90f9da0e3bc507.png)
Можно настроить палитру, масштаб, углы поворота (мышкой). Настройки можно сохранить в виде профиля для повторного использования.
Примеры использования: раз и два.
Прямая ссылка
Raman 2D
Недавно выяснилось, что крутейший Рамановский спектрометр (LabRam Aramis) умеет снимать карту распределения, но совершенно не умеет с ней работать! Т.е. оно просто сохраняет спектр для каждой точки в отдельный файл. И вместо картинки 15×15 мы получаем 225 текстовых файлов. Пришлось срочно изобретать еще один велосипед. Вот что получилось в итоге:
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/dd4/90a/8f7/dd490a8f77a9e885bcfeef660cbb0c2b.png)
Работает просто — указываем папку с нашими данными, задаем маску имени файлов, жмем «Start import», получаем карту. Можно выбрать тип данных — интенсивность линий (интегральную или пиковую), либо соотношение интенсивностей (полезно для графена), построить карту смещения линий. Диапазоны настраиваются, так что можно использовать и для других элементов помимо углерода. Пример использования.
В архиве с программой есть две папки с примерами исходных данных, для «поиграться». Никакая активация и установка не нужны, просто распакуйте архив.
Прямая ссылка
X-Ray Calc
Наиболее специфическая программа из представленных. И самая любимая, потому как разрабатывается уже 15 лет (с перерывами). Предназначена для моделирования малоугловой рентгеновской дифракции. Реализован метод рекуррентных соотношений (Barbee T.W. Opt. Eng. 1986, 25, 899–915). Простейшее применение — определение толщины однослойных пленок с помощью рентгеновской дифракции. Поддерживает модели любой сложности, как периодические, так и апериодические, и их комбинации. Все эти годы интенсивно используется в Лаборатории рентгеновской оптики Харьковского политеха.
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/a1b/d65/239/a1bd652398fa5f7ba92689e14ccdabb1.png)
Позволяет одновременно отрисовывать неограниченное количество моделей и экспериментальных кривых. Основная фишка — удобный ручной подбор параметров теоретической модели под экспериментальные данные.
![](https://habrastorage.org/getpro/habr/post_images/39d/980/348/39d980348f7fefc5efae9125fe00de69.png)
Примеры использования: раз и два.
Условия распространения — те же, что и у SciRef (т.е. бесплатно) + обязательная ссылка при публикации.
Прямая ссылка
Post Scriptum
Надеюсь, что что-то из выше перечисленного окажется полезным и я не зря написал эту простыню. Ссылки на сам сайт не даю, дабы не было рекламой.
Также просьба сообщать об опечатках в личку. Спасибо за внимание.