Комментарии, это не просто дизайн формы добавления сообщений и дерева комментариев.
Оформление может быть каким угодно и о нем я скажу совсем немного.

В первую очередь комментарии это мнения людей.
Поэтому система комментариев должна в первую очередь представлять из себя
систему организации мнений.


Древовидное представление:
Чем плохи существующие реализации?
При большой вложенности либо появляется горизонтальная прокрутка, либо сужается область отведенная для текста.
Вариант с отказом от организации в виде дерева рассматривать не будем, так как это не увеличивает удобства при чтении комментариев.

Какой же выход?
У меня их два.
1. Отступ, являющийся идентификатором вложенности должен уменьшаться с увеличением уровня вложенности.(не должен быть постоянным)
2. Плавное изменение цвета элемента комментария. (плашка, часть плашки, имя, рамка...)

система, организация информации, комментарии

В примере использован метод 1. — отступ постепенно уменьшаясь превращает древовидный список в подобие линейного. В большинстве случаев это не страшно, так как обычно комментарии при большой вложенности перестают ветвиться. Кроме того, для случаев, когда индикация дальнейшей вложенности все таки необходима, применен метод 2. — выделение вложенности затухающим цветом левой части плашки.

Предвзятость мнений:
Комментарии являются средством выражения мнения в сети, поэтому существует проблема предвзятости мнений.

С одной стороны, человек получивший информацию о каком либо объекте, всегда обладает собственным мнением о нем.
С другой, мнения других людей могут тем или иным образом вл��ять на мнение человека.

Для автора, как правило, наиболее ценно неискаженное мнение.
Как получить его? Нужно сделать так, чтобы по умолчанию комментарии других людей были скрыты от человека.
Таким образом, у человека будет возможность написать «непредвзятый» комментарий.

Во первых, это увеличивает качество комментариев. Во вторых, если отметить эти комментарии значком, то это создает дополнительный визуальный фильтр для более качественных комментариев.

Соответственно и комментарий в свою очередь может выступать объектом обсуждения.
А значит в идеальной системе комментарии комментариев должны быть так же доступны только по запросу.

Конечно это значительно увеличивает количество кликов, необходимых для просмотра всех комментариев поэтому в реальных системах, концепцию «предвзятости мнений» можно оставить только для комментариев первого уровня, или сделать опционально активируемой(если автор хочет видеть непредвзятые мнения для конкретного комментария).

В приложенном примере, непредвзятые комментарии выделены кружочком.

PS:
Я не стал останавливаться, на концепции «плюсов — минусов», так как здесь она очень хорошо реализована и является неплохим фильтром для тем с большм количеством комментариев.
Единственное, что можно было бы добавить к ней — полное удаление ветки с большим количеством минусов(-50 например).