Пробовал SystemJS пару месяцев назад, штука интересная но в сравнении с webpack`ом проигрывает. на данный момент webpack обладает куда большими возможностями и удобством. Использовать просто jspm как менеджер пакетов вообще не вижу смысла, тот же npm умеет ставить из github`a, так что jspm тут ни какими преимуществами не обладает.
jspm не только устанавливает файлы, но и загружает, и собирает зависимости. В этом преимущество, на мой взгляд. + не только с гитхаба, а отовсюду. Плюс не только js, а всё что угодно. Опять же не только устанавливает в локальную папку, но и позволяет использовать в приложении с помощью загрузчика.
Ну на вскидку, удобный конфиг файл, куча всевозможных загрузчиков и инструментов. Из минусов webpack'a сейчас можно назвать то что он не понимает System.import но это автор обещал добавить.
Главной киллерфичей является webpack-hot-update с которой уже подружили реакт, и работает это реально круто. Если еще не знаете что это, то советую для начала посмотреть видео vimeo.com/100010922
github.com/OrKoN/jspm-ember-playground пример приложения emberjs c es6 и загрузка/компиляция шаблонов через jspm. А также экспериментальные декораторы с помощью babel
jspm — менеджер пакетов для браузера