Собираем XGBoost под OS X

XGBoost — С++ библиотека, реализующая методы градиентного бустинга, которую все чаще можно встретить в описаниях алгоритмов-победителей на Kaggle. Для использования из R или Python есть соответствующие обвязки, но саму библиотеку необходимо собрать из исходников. Запустив make, я увидел массу ошибок, сообщающих о ненайденных хидерах и неподдерживаемом OpenMP. Ну, не впервой.

Прогресс не стоит на месте, и алгоритм несколько упростился:

1. /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
2. brew install gcc --without-multilib
3. pip install xgboost
4. Покорять топы лидербордов на Kaggle

С полей сообщают, что при запуске XGBoost может ругаться на ненайденную библиотеку /usr/local/lib/gcc/5/libgomp.1.dylib. В этом случае следует найти ее и положить по указанному пути.

Раньше нужно было проделать следующее:

1. Скачать XCode
2. Установить command line tools
3. Собрать Clang c поддержкой OpenMP
4. Собрать Intel OpenMP библиотеку
5. Прописать путь к OpenMP библиотеке и соответствующим хидерам
6. Собрать XGBoost
7. Установить обвязку для Python
8. Покорять топы лидербордов на Kaggle

1. Скачать XCode
XCode можно совершенно бесплатно скачать из App Store. После установки, набрав в командной строке терминала gcc -v, мы должны увидеть на экране примерно следующее:

Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer//usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 6.1.0 (clang-602.0.53) (based on LLVM 3.6.0svn)
Target: x86_64-apple-darwin14.3.0
Thread model: posix

2. Установить command line tools
Если пропустить этот шаг, компилятор не сможет найти стандартные библиотеки C и C++. В терминале необходимо запустить

xcode-select --install

и следовать инструкциям.

3. Собрать Clang c поддержкой OpenMP
Эта версия компилятора поддерживает OpenMP-инструкции для распараллеливания и разрабатывается сотрудниками Intel. Можно надеяться, что в один прекрасный день эта ветка вольется обратно в транк, и OpenMP будет доступно в оригинальном Clang из коробки. Судя по всему, некоторое время назад можно было установить clang-omp с помощью brew, но это счастливое время прошло. Итак, собираем компилятор:

mkdir clang-omp && cd clang-omp
git clone https://github.com/clang-omp/llvm
git clone https://github.com/clang-omp/compiler-rt llvm/projects/compiler-rt
git clone -b clang-omp https://github.com/clang-omp/clang llvm/tools/clang
mkdir build && cd build
cmake ../llvm -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make -j 4

Если ядер на машине больше 4, имеет смысл поправить цифру в последней команде.

4. Собрать Intel OpenMP библиотеку
Библиотека для поддержки OpenMP так же собирается из исходников. Скачиваем, распаковываем, собираем:

mkdir build && cd build
cmake ..
make -j 4

5. Прописать путь к OpenMP библиотеке и соответствующим хидерам
Чтобы компилятор и линкер при сборке XGBoost смогли найти необходимые им компоненты, нужно прописать к ним пути. Для этого необходимо добавить в ~/.bash_profile следующие строки:

export C_INCLUDE_PATH=PATH_TO_LIBOMP/libomp/exports/common/include/:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=PATH_TO_LIBOMP/libomp/exports/common/include/:$CPLUS_INCLUDE_PATH
export LIBRARY_PATH=PATH_TO_LIBOMP/libomp/exports/mac_32e/lib/:$LIBRARY_PATH
export DYLD_LIBRARY_PATH=PATH_TO_LIBOMP/libomp/exports/mac_32e/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH

Как можно догадаться, PATH_TO_LIBOMP — путь к папке, где лежит библиотека. Чтобы изменения вступили в силу, необходимо выполнить команду

source ~/.bash_profile

Необходимо убедиться, что все работает корректно. Для этого создадим программу-сэмпл

#include <omp.h>
#include <stdio.h>
#include <iostream>

int main(int argc, char** argv) {
    std::cout << "Hello!" << std::endl;
    #pragma omp parallel
    printf("Hello from thread %d, nthreads %d\n", omp_get_thread_num(), omp_get_num_threads());
    return 0;
} 

и попытаемся ее скомпилировать:

PATH_TO_CLANGOMP/clang-omp/build/bin/clang++ sample.cpp -o sample -fopenmp

Если все хорошо, запустив программу, мы увидим на экране сообщения из нескольких тредов.

6. Собрать XGBoost
Мы почти у цели. В папке xgboost лежит Makefile, первые строчки которого необходимо отредактировать следующим образом:

export CC  = PATH_TO_CLANGOMP/clang-omp/build/bin/clang
export CXX = PATH_TO_CLANGOMP/clang-omp/build/bin/clang++
export MPICXX = mpicxx
export LDFLAGS= -pthread -lm 
export CFLAGS = -Wall -O3 -msse2 -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -fopenmp

Собираем:

make -j 4

Победа.

7. Установить обвязку для Python

cd wrapper
python setup.py install

Убедиться, что обвязка XGBoost работает должным образом, можно с помощью демо-скриптов, лежащих в xgboost/demo.

8. Покорять топы лидербордов на Kaggle
Внезапно отключилось электричество, и эта самая важная часть, к сожалению, была утрачена и будет освещена в дальнейшем.