Можно. Малинка подключается к серверу как ещё один клиент. Даже более того она может выступать мозгом системы и отдавать команды при натсуплении определенных условий…
У нас кстати в контроллерах Wiren Board есть простенький сервис для хранения данных, которые приходят по MQTT. Использует БД sqlite, внешних зависимостей мало, оптимизирован под embedded. Исходники тут
Esp8266 управление через интернет по протоколу MQTT