Пока программы не начнут писать на простом человеческом языке, любой код будет в той или иной степени проблемным :)
Хорошие комментарии восполняют этот недостаток
Есть более конкретное высказывание Непейводы Н.Н., — комментировать нужно подпорки и призраки.
Подпорка — некоторое исключение из теории или общего алгоритма; специальный код, рассматривающий отдельно особый крайний случай, и т.д. и т.п. Подпорки мы все писали, так что знаем.
Призрак — дуальная сущность, она есть в теории, но отсутствует в коде (единственная возможность ей там появиться — в виде комментария). Это теоремы, которые использовались при написании кода, различные инварианты, математические идеи, которые не извлекаются из кода непосредственно.
Все остальное должно быть таким (модульность, именование функций, переменных, классов, ), чтобы комментарии были не нужны.
О комментариях в коде