Comments 60
Порадовал «ретро-стайл» дорожек, такие все изогнутые, как будто там СВЧ.
Обычная разводка при помощи TopoR
В других случаях так трассируют просто по причине нетрадиционного понимания прекрасного. :) Да, есть там всякие отговорки насчет того, что так-де топология получается оптимальнее, но это просто попытки замаскировать любовь к пьяным дорожкам. :)
Начало работ по созданию гибкого [2] топологического трассировщика относится к 1988 году
— Википедия.
Хотя, конечно, я не уверен, что при проектировании платы использовали именно его.
и ещё — не совсем понятно, зачем к шаговому двигателю подключен энкодер?
насчет энкодера — в вашем случае нужен абсолютный энкодер,
но в данном случае вместо энкодера лучше использовать простую оптопару
для определения относительного положения ротора и статора при первоначальной подаче
питания
и еще — при использовании шаговика и вашего роторного клапана неизбежно будет
возникать люфт, из за которого будет накапливаться ошибка в позиционировании
2 — энкодер дает обратную связь, что исключает накопление ошибки.
Скопировать роторный клапан; сделать на нем систему подачи реагентов для моего секвенатора. Родилась идея: в моем секвенаторе, совместить ещё и ДНК-синтезатор. Основная стоимость синтезатора — в этом клапане. Если удастся его скопировать, то можно продавать дешевые ДНК синтезаторы.А зачем его копировать, если сейчас проще заменить четырьмя раздельными клапанами-дозаторами? Относительно сложную механическую часть можно достаточно просто заменить электроникой. В одном положении клапан должен наполняться раствором реагента, в другом этот реагент выдавливается, например, воздухом, в реакционную колонку. В случае ДНК синтезатора, например, три клапана нуклеотидов и пара клапанов-дозаторов для реагента, открывающего активную группу, второй для промывочной жидкости.
можно и длинные последовательностиНа сколько длинные? Сколько это будет стоить?
Друг мой, обратите свой взор на рынок каплеструйных принтеров ( штуки, которые даты производства на упаковках всякого рода продукции печатают) Рекомендую начать изучение с Каплеструйного маркиратора Питерского производства ЭКСТ. Клапана и гидросхема очень похожи, запчастями они охотно делятся за энное количество тугриков.
"найти или сделать подходящие реакционные колонки"
Для первой электроники платы можно было руками травить и паять. Сейчас многослойные платы и элементы с сотнями контактов...
Раньше твердофазные колонки руками набивали. Сейчас это другой уровень зерна и качества, а стоят они от $300 даже с простым сорбентом.
Хотя конечно вопрос в задаче: если задача эффективной очистки продукта не стоит, то можно и дешевле. Правда я не очень понимаю как можно применить этот суп из днк, реактивов и полупродуктов.
А так — посмотрите на более дорогую может быть не в деньгах, но во времени задачу — это постобработка секвенированных данных. Со временем то, что обработка данных занимает на порядок больше времени чем само севенирование — станет камнем преткновения. Вобщем там тоже можно попробовать что-то оптимизировать. Как минимум научиться распараллеливать задачу в распределенной сети, сокращая время.
Осталось всего лишь разобраться, какая комбинация нуклеотидов для этого нужна.
Для дальнейшей работы выделяется наработанная цепь, количество копий которой можно еще увеличить методом ПЦР.
В последнее время я много работал на приборах этой компании: www.chemspeed.com
они гуру в автоматизации по части хим реакций.
В целом ДНК синтезатор довольно простая задача с точки зрения автоматизации, т.к. реагенты не агрессивные и все реакции при комнатной температуре + еще и не токсичные.
Имейте ввиду, что ДНК синтезаторы попадают под кучу межденародных регулешенов и сбыть такой прибор даже официально задача та еще, а не официально могут и схватить за…
Если интересно велкам в личку.
Кстати, еще когда пачками заказывал праймеры на стороне, предполагал, что их проверяют по базе, что они не для опасных вирусов. А потом узнал, что так и есть! Фирмы, которые делают олиги на заказ, действительно это проверяют.
Chemical Synthesis of Poliovirus cDNA: Generation of Infectious Virus in the Absence of Natural Template
Jeronimo Cello, Aniko V. Paul, Eckard Wimmer*
Science 09 Aug 2002:
Vol. 297, Issue 5583, pp. 1016-1018
Full-length poliovirus complementary DNA (cDNA) was synthesized by assembling oligonucleotides of plus and minus strand polarity. The synthetic poliovirus cDNA was transcribed by RNA polymerase into viral RNA, which translated and replicated in a cell-free extract, resulting in the de novo synthesis of infectious poliovirus. Experiments in tissue culture using neutralizing antibodies and CD155 receptor–specific antibodies and neurovirulence tests inCD155 transgenic mice confirmed that the synthetic virus had biochemical and pathogenic characteristics of poliovirus.
Тут про полио, но я, кажется, видел и про синтез оспы.
В целом ДНК синтезатор довольно простая задача с точки зрения автоматизации, т.к. реагенты не агрессивные и все реакции при комнатной температуре + еще и не токсичные.
Не обманывайте человека, реагенты агрессивные и токсичные, многие канцерогены, некоторые прекурсоры, один вообще из первого списка.
В России выпускаются синтезаторы разных масштабов синтеза (http://biosset.com/sintezator-dnkrnk-asm-800/?lang=ru), но эти машины по принципу действия уступают зарубежным аналогам. Заграницей варят РНК- и ДНК-олигонуклеотиды кг-партиями и некоторые используется в качестве терапевтических средств с переменным успехом (в этом году вот еще два новых для орфанных заболеваний появились): www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26510815
Тот синтезатор, что автор препарирует, экскременты мамонта. На запчасти к секвенатору может что-то и пойдет. Если он его соберет, то запустить процесс нормально вряд ли получится, а если и да, то синтезировать заявленные 200 нт точно нет :)
ВОПРОС:
— Ваш проект относится к Open Source-проектам?
Реверс-инжиниринг ДНК-синтезатора