Реверсим мобильную 1с под андроид. Как добавить немного функциональности и угробить несколько вечеров

[@S-trace]

Скомпилировал следующими командами сначала в class, затем в dex, затем декомпилировал в smali чтобы потом упаковать вместе с остальными файлами

Почему бы не воспользоваться плагином "java2smali" для Android Studio?
Компиляция из исходников в smali одним кликом, очень удобно. Там же и код можно писать со всеми удобствами)

[@Neikist]

Насколько я знаю этот плагин выполняет ту же последовательность действий. Собственно даже на странице плагина в списке изменений последней версии стоят следующие пункты:

updated baksmali.jar to version 2.1.3
updated dx.jar (Android build-tools 23.0.2)

Плюс не хотелось зависеть от среды разработки и хотелось иметь возможность редактировать в чем угодно, а также автоматизировать сборку и запуск. Если на гитхабе на итоговый проект посмотрите — увидите что в итоге сорцы состоят частично из smali файлов, частично из java + часть java файлов нужны только для сборки и не должны попасть в приложение. На самом деле вполне возможно что плагин гибкий и позволяет все это настроить, но см. пункт выше про желание от среды разработки не зависеть.