Для Windows есть очень простой вариант: каталог с запретом на всё, в нём десяток random_vhost_dir. Апач, разумеется, от пользователя с заботливо урезаными правами. Соседа без точного имени его каталога не найти, система должна быть защищена в любом случае.
На любом сервере под Windows первым делом убирается разрешение для всех с корня, выдаётся кому и что нужно. Особо параноидальные продвинутые админы поштучно выдают права на чтение для всей кучи длл, необходимых приложению.
1. поднимаем сервис
httpd -k install -n «Apache Instance 2» -f «C:\Program Files\Apache Service Foundation\path\to\your\conf file.conf»
2. каждый сервис под своим юзером
3. права у пользователя на нужную папку и deny на остальное
Как я организовавывал связку apache+vmware