На хабре проскакивали статьи про PHP и Javascript beautifier'ы, но для SQL запросов я тут ничего не нашёл. Постараюсь исправить этот пробел.

Наиболее популярный SQLinForm. Единственный минус этого решения является требование Java Runtime.

Менее «фичастый» и более удобный для работы Instant SQL Formatter. Пример работы можно посмотреть здесь.