www.handybackup.ru/ — посмотрите, умеет бэкапить по ftp, проверял, работает на ура.
Также заявлено что умеет бэкапить MySQL базы, не проверял, сегодня буду пробовать.
gist.github.com/357207 как-то так. сам еще не проверял. пользоваться так: @dailly /path/to/script local 1
Чтобы делаать бекап по ssh заменить local на ssh, второая цифра это способ бекапа mysql — 1 выбраные базы, 2 все, 0 совсем не надо. Прикрутить S3 не так сложно будет — делем временную директорию( как в local) и с готовые файлы уже заливаем на S3 с помощью тех скриптов на которые я давал линк снизу.
Ну технически я уже нашел набор скриптов на баше для амазона. code.google.com/p/s3-bash/ кому интересно. так что как будет время напишу скрипт или свой старый адаптирую.
Хорошая вещь, позволяет заливать бэкапы через sftp и на Amazon S3/Rackspace Cloudfiles + есть возможность шифрования с помощью GnuPG.
Единственным минусом является необходимость установки ruby. Для серверов с уже установленными ruby stack это оптимальный вариант.
Софт для бекапа сайтов ftp&mysql