Cyclone мы используем в коммерческих проектах, а Марсоход — это в общем некоммерческий (и open source) проект для популяризации технологии. Что-то вроде Arduino по русски. Надеюсь плата Марсоход когда нибудь он станет такой же популярной.
Java процессор конечно можно сделать, но есть несколько больших НО.
1) требуется память, много памяти, а лучше всего виртуальная память
2) языки типа Java сильны не столько виртуальной машиной (виртуальным процессором), сколько обширным набором библиотечных классов
Реализация ядра микропроцессора AVR в ПЛИС Altera MAX-II