Comments 51
UFO just landed and posted this here
Вообще, биология сейчас — это космос какой-то. Каждый раз, когда делаю про неё эпизоды, остановиться не могу.
Сейчас хочу сделать пост (да, снова про COVID-19 :) ) про вакцины от CoV-ов и почему нельзя с ними гнать. Материалы, которые я смотрел, показывают, что неумело сделанные вакцины могут склонять баланс в пользу тяжелой формы заболевания коронавирусом за счет вакцино-индуцированного заражения иммунных клеток. А то какое-то головокружение от успехов возникло — 12-18 месяцев до вакцины. Пока предпосылок нет.
вот про корону что-то совсем не хочется тут беседовать. Кажется, недостатка в беседах про корону нынче нет ;)
Хорошо, давайте не про корону. Насчет двух последних абзацев — у меня огромные сомнения. И я думаю, что есть именно непреодолимые ограничения. Система трансляции оттачивалась 4 миллиарда лет, от одного этого факта голова кружится. И она оттачивалась на триплеты. Вы не сделаете новую рибосому, тРНК и все остальное. Это невозможно. Эукариотическую рибосому переделать невозможно вдвойне, мало того, что она сама — завод из 84 деталей, ее собирает другой завод из 250 деталей.
Оставаясь в триплетах можно, конечно, предположить, что теоретически можно что-то рибосоме подсовывать, какие-то нуклеотиды новые в мРНК, а тРНК заряжать какими-то экзотическими аминокислотами, но это просто не пройдет отбор. Этот код отбирался миллиарды лет по соотношению необходимости/достаточности. Единственные исключения из этого кода были до его формирования, когда было меньше аминокислот (это известно достоверно), а сейчас, если не путаю, есть всего несколько организмов, живущих в экзотических условиях, у которых есть дополнительные аминокислоты).
Я уж не говорю, про «мелочи», например, во что будут свертываться новые белки, и будут ли вообще.
Оставаясь в триплетах можно, конечно, предположить, что теоретически можно что-то рибосоме подсовывать, какие-то нуклеотиды новые в мРНК, а тРНК заряжать какими-то экзотическими аминокислотами, но это просто не пройдет отбор. Этот код отбирался миллиарды лет по соотношению необходимости/достаточности. Единственные исключения из этого кода были до его формирования, когда было меньше аминокислот (это известно достоверно), а сейчас, если не путаю, есть всего несколько организмов, живущих в экзотических условиях, у которых есть дополнительные аминокислоты).
Я уж не говорю, про «мелочи», например, во что будут свертываться новые белки, и будут ли вообще.
Да. Вопросов тут сильно больше, чем ответов, с этим я согласен. Мы про это и в эпизоде говорили. Тем не менее, от возможностей дух захватывает!
Что-то мне кажется, что этот ваш комментарий имеет шансы войти в историю наряду с высказываниями лорда Кельвина и др.:)
Что нам нужно, это качественные мощности для симуляции. Очевидно, квантовые, т. к. они позволяют симулировать физику (а значит и химию, и биологию) «в натуре». И алгоритмы, позволяющие упаковывать то, что в дикой природе занимало «4 миллиарда лет» (вероятно, на самом деле меньше — базовые блоки сформировались довольно давно и после этого весьма консервативны), в более ускоренный перебор вариантов. В частности, для человека один «эволюционный шаг» «традиционным способом» сегодня занимает 20-30 лет, если смоделировать организм или отдельный орган на достаточно мощной вычислительной системе — дальнейшая его «искусственная» эволюция оставит «естественную» далеко позади. Для самой базовой, внутриклеточной машинерии тем более не вижу каких-то фундаментальных барьеров сложности. Завод из 84 деталей — ну ок, не совсем верная аналогия, т. к. там каждая деталь — это версия v100500.600.700.800.900 после некоего длительного процесса перебора, но все же и эту сложность (количество возможных вариантов и проведенных над ними операций) можно измерить и постараться воспроизвести. Вероятно, именно эти уровни сложности станут основным практическим применением квантовых компьютеров (как и построение аналогичных по масштабам наномашин на небиологической основе, но поначалу, вероятно, на базе существующих бионаноструктур типа днк).
Что нам нужно, это качественные мощности для симуляции. Очевидно, квантовые, т. к. они позволяют симулировать физику (а значит и химию, и биологию) «в натуре». И алгоритмы, позволяющие упаковывать то, что в дикой природе занимало «4 миллиарда лет» (вероятно, на самом деле меньше — базовые блоки сформировались довольно давно и после этого весьма консервативны), в более ускоренный перебор вариантов. В частности, для человека один «эволюционный шаг» «традиционным способом» сегодня занимает 20-30 лет, если смоделировать организм или отдельный орган на достаточно мощной вычислительной системе — дальнейшая его «искусственная» эволюция оставит «естественную» далеко позади. Для самой базовой, внутриклеточной машинерии тем более не вижу каких-то фундаментальных барьеров сложности. Завод из 84 деталей — ну ок, не совсем верная аналогия, т. к. там каждая деталь — это версия v100500.600.700.800.900 после некоего длительного процесса перебора, но все же и эту сложность (количество возможных вариантов и проведенных над ними операций) можно измерить и постараться воспроизвести. Вероятно, именно эти уровни сложности станут основным практическим применением квантовых компьютеров (как и построение аналогичных по масштабам наномашин на небиологической основе, но поначалу, вероятно, на базе существующих бионаноструктур типа днк).
А где все это будет жить потом? На реальной планете? Что является отбором, внешними условиями в симуляторе? Все должно быть bootstrapped, так сказать, иначе в реале мгновенно сдохнет.
Я допускаю симуляцию всяких микоплазм (существующих). Для эукариот будет проще затерраморфить новую планету с контролируемыми свойствами. :)
Чтобы просто запустить симулятор, надо будет хорошенько разобраться, как все началось в реале, чтобы просто «суп варить» из правильных ингредиентов. :)
Я допускаю симуляцию всяких микоплазм (существующих). Для эукариот будет проще затерраморфить новую планету с контролируемыми свойствами. :)
Чтобы просто запустить симулятор, надо будет хорошенько разобраться, как все началось в реале, чтобы просто «суп варить» из правильных ингредиентов. :)
Хочу себе домой светящуюся собаку!
светящаяся кошка будет отличным помощником в доме. Ночью встал в туалет, увидел ее и уже не надо никуда идти
Хочу светящихся рыбок. Это было бы офигительным ночником и классным примером для детей что такое генетика и что она может.
UFO just landed and posted this here
На рынке есть уже несколько видов аквариумных светящихся разными цветами рыб под торговым название GloFish. Кажется, их продают стерилизованными Первыми были популярные данио рерио, уже несколько лет назад.
Меня восхищают биотехнологии. Сейчас мы стоим на пороге биотехнологической революции, и никто не знает к чему она приведет. Жалко только, что уровень сложности (и рисков в экспериментах) слишком высок по сравнению с эпохой IT.
Если говорить о конструировании живых организмов, то вот кажется совершенно не хватает некоего инструмента типа компилятора, с помощью которого можно было бы генерировать «нуклеотидный ассемблер» из более высокоуровневых конструкций типа описания свойств организма. И «декомпилятор» тоже было бы неплохо иметь (хотя при огромном уровне сложности живых систем, это вполне может оказаться разными аспектами одной задачи).
Если говорить о конструировании живых организмов, то вот кажется совершенно не хватает некоего инструмента типа компилятора, с помощью которого можно было бы генерировать «нуклеотидный ассемблер» из более высокоуровневых конструкций типа описания свойств организма. И «декомпилятор» тоже было бы неплохо иметь (хотя при огромном уровне сложности живых систем, это вполне может оказаться разными аспектами одной задачи).
Да, создание подобных технологий должно сильно снизить и цену и риски экспериментов.
Проблема скорее всего в высоком уровне зацепления (coupling).
Например, за что отвечает конкретный ген? За единственный признак? Или он может влиять на весь организм в целом, на работу всех других генов и их сочетаний?
В первом случае ассемблер очевиден, во втором это комбинаторный взрыв и только квантовые суперкомпьютеры будущего возможно смогут решать такие задачи.
Наверное истина где-то посередине, но мы никогда не сможем застрахиваться от того, что случайное сочетание двух безобидных генов на разных концах ДНК не приведет к катастрофическим последствиям для организма в целом.
Например, за что отвечает конкретный ген? За единственный признак? Или он может влиять на весь организм в целом, на работу всех других генов и их сочетаний?
В первом случае ассемблер очевиден, во втором это комбинаторный взрыв и только квантовые суперкомпьютеры будущего возможно смогут решать такие задачи.
Наверное истина где-то посередине, но мы никогда не сможем застрахиваться от того, что случайное сочетание двух безобидных генов на разных концах ДНК не приведет к катастрофическим последствиям для организма в целом.
Ну Вы матчасть-то подтяните. Так абстрактно-«программистски» подходите, аж жуть.
Посоветуйте что почитать, я с удовольствием
Сначала нужно узнать, что такое нуклеиновые кислоты и аминокислоты и их полимеры.
А потом Alberts — Molecular Biology Of The Cell и Watson — Molecular Biology Of The Gene последних изданий. После этих 2500 страниц Вы будете готовы ко всему. :)
А потом Alberts — Molecular Biology Of The Cell и Watson — Molecular Biology Of The Gene последних изданий. После этих 2500 страниц Вы будете готовы ко всему. :)
Спасибо! Не факт конечно что я до этого доберусь, но в любом случае спасибо.
Кстати, почитал ваши комментарии и понял как же много я не знаю. Вы профессиональный биолог?
Еще небольшая ремарка по поводу мотивации к самостоятельному изучению вот этого всего. Прелесть профессии программиста в том, что теория неразрывно связана с практикой. Вот он компьютер, и любые новые знания можно тут же проверить и тут же получить результат. А вот с биологией так просто не получится… Хотя порой очень хочется:)
Кстати, почитал ваши комментарии и понял как же много я не знаю. Вы профессиональный биолог?
Еще небольшая ремарка по поводу мотивации к самостоятельному изучению вот этого всего. Прелесть профессии программиста в том, что теория неразрывно связана с практикой. Вот он компьютер, и любые новые знания можно тут же проверить и тут же получить результат. А вот с биологией так просто не получится… Хотя порой очень хочется:)
Нет, я инженер-конструктор, оптик. Когда-то давно меня врачи чуть не «вылечили» так, что пришлось разбираться самому, что произошло. И как-то затянуло, так что превратилось в хобби. А там выяснилось, что и вопрос с происхождением жизни, в принципе, объяснен, точнее понятны ключевые точки в переходе химии в биологию, и многие другие вкусности, которые можно узнать только в оригинальных статьях. Самое главное, что очень многое можно понять без сильного углубления в биохимию
выяснилось, что и вопрос с происхождением жизни, в принципе, объяснен, точнее понятны ключевые точки в переходе химии в биологию, и многие другие вкусности, которые можно узнать только в оригинальных статьях. Самое главное, что очень многое можно понять без сильного углубления в биохимиюлегко ли на пальцах и ламеру вроде меня объяснить проблему, почему вирусы не удалось согласованно отнести к живой ИЛИ не живой материи — это же не Кот Шредингера! Так в чем же проблема?
Заранее спасибо!
Потому, что это философский вопрос. Не могут же дать определение жизни до сих пор.
Мое мнение — химия стала жизнью, когда начался информационный процесс кодировки, сопоставления последовательности нуклеиновых кислот последовательности аминокислот. Это называется трансляцией. То, где трансляция (то есть, где есть рибосома) идет внутри некой оболочки — живое. Та оболочка, где нет трансляции — ну, давайте считать это просто химией. С этой точки зрения не только вирусы, но и эритроциты и сперматозоиды — «неживые клетки»-контейнеры. Оболочки разные, содержимое тоже — где-то РНК/ДНК, где-то белки.
Вообще, это все довольно искусственные потуги разума к классификации. Есть большое количество экзотических (и не очень) слабоклассифицируемых объектов.
Есть странные раковые опухоли-«паразиты», передающиеся половым путем у некоторых видов — это уже экзотическая форма жизни или нет?
Есть пузырьки-контейнеры, содержащие химические вещества, которые раковая опухоль отправляет по крови/лимфе к определенным(!) органам, где они действуют, как семена, подготавливающие «почву» для успешного метастаза. Эти пузырьки — они уже «живые», на уровне вирусов, или как?
Всем известны «электростанции» клеток — митохондрии — которые были когда-то «проглоченными» организмами, и в которых до сих пор есть небольшой собственный геном. Их не считают за самостоятельный организм. Но есть и организмы «двойной вложенности», где в подобном организме есть еще один! Эти явление называется эндосимбиозом, и это намного страннее, чем кажется поначалу.
Мое мнение — химия стала жизнью, когда начался информационный процесс кодировки, сопоставления последовательности нуклеиновых кислот последовательности аминокислот. Это называется трансляцией. То, где трансляция (то есть, где есть рибосома) идет внутри некой оболочки — живое. Та оболочка, где нет трансляции — ну, давайте считать это просто химией. С этой точки зрения не только вирусы, но и эритроциты и сперматозоиды — «неживые клетки»-контейнеры. Оболочки разные, содержимое тоже — где-то РНК/ДНК, где-то белки.
Вообще, это все довольно искусственные потуги разума к классификации. Есть большое количество экзотических (и не очень) слабоклассифицируемых объектов.
Есть странные раковые опухоли-«паразиты», передающиеся половым путем у некоторых видов — это уже экзотическая форма жизни или нет?
Есть пузырьки-контейнеры, содержащие химические вещества, которые раковая опухоль отправляет по крови/лимфе к определенным(!) органам, где они действуют, как семена, подготавливающие «почву» для успешного метастаза. Эти пузырьки — они уже «живые», на уровне вирусов, или как?
Всем известны «электростанции» клеток — митохондрии — которые были когда-то «проглоченными» организмами, и в которых до сих пор есть небольшой собственный геном. Их не считают за самостоятельный организм. Но есть и организмы «двойной вложенности», где в подобном организме есть еще один! Эти явление называется эндосимбиозом, и это намного страннее, чем кажется поначалу.
Здесь можно начать с известной цитаты Энгельса «жизнь есть способ существования белковых тел» (зиждящихся на пептидной связи CO-NH) и напомнить о принципиальном формальном различии органики и неорганики (химической связи C-H). А в основе всего будет квантовая физика, именно она объясняет, почему только соединения углерода с другими лёгкими элементами обладают настолько огромным разнообразием, необходимым для построения жизни, в отличие от соседей углерода по периоду или ряду (коротко: суть в размере ядра и пространственной форме электронных орбиталей атома углерода).
А что вы думаете о кремниевой «органике»?
в основе всего будет квантовая физикасвоей «контринтуитивностью»?
+1
Потому что я согласен с
tabmoo
это философский вопрос. Не могут же дать определение жизни до сих пор.но если сознание «изучают» без формулировки, то живое все же изучают глубже, чаще, больше — а потому и «без кавычек». Но как же без определения-то?
Все же «частица-волна», «размазанность электрона по всей вселенной», «Кот Шредингера» — вся эта
«контринтуитивность», но хотя бы наличие хотя бы формального соглашения о понятиях имхо лучше, чем «пограничная» полоса между жизнью и нежитью, которая «полоса» оказывается соизмерима с самими областями.
Т.е., если «граница» оказывается аж целой третьей областью, то мож пора смело признать не только третий гендер, но и третий вид «живой нежити»? Ведь троичная логика не повергает в хаос ничего — так и тут: какой простор для…
UFO just landed and posted this here
это смотря как интерпретировать тексты. Бог-то тоже в некотором смысле создаёт живое из живого.
Имеется в виду бог из авраамических религий (есть же не монотеистические религии, где у богов имеются свои специализации)?
Не обязательно из авраамических. Есть очень много религий, которые декларируют существование богов от начала времён, а дальше те или иные боги создают мир из себя или из других богов. Я, скорее, к тому что есть много религий, в которых живое всегда создаётся из живого, если по умолчанию считать божественные сущности живыми.
Чисто технические проще модифицировать существующее, чем создать новое с нуля. Но это не значит, что с помощью некоего гипотетического молекулярного принтера нельзя «напечатать» живую клетку или хотя-бы вирус, используя только простые химические вещества. Можно. Просто наука использует те средства, которые есть здесь и сейчас, и это правильно.
«Молекулярный принтер» существует миллионы лет. Он встроен прямо в живые клетки.
И материал он получает из клетки.
Собственно живой организм — это фабрика по производству живых клеток с сопутствующей инфраструктурой.
А человек пытается перепрограммировать технологический процесс этого принтера на производство нужного уже ему продукта.
И материал он получает из клетки.
Собственно живой организм — это фабрика по производству живых клеток с сопутствующей инфраструктурой.
А человек пытается перепрограммировать технологический процесс этого принтера на производство нужного уже ему продукта.
каждый играет в меру своих возможностей
Sign up to leave a comment.
Игра в бога: искусственные организмы