а редактировать руками файл за пределами /home и /etc случайно не попахивает вредными советами? man по nikto не говорит где override юзерский конфиг лежит, зато сообщает про наличие опции -config которая позволяет указать путь до своего конфига где угодно.
Обзор сканера Nikto для поиска уязвимостей в веб-серверах