Один конфиг Nginx для работы с кучей разных сайтов

Для разработки наверное кому-нибудь пригодится, но в продакшене такое лучше не использовать.

server {
    server_name ~^(www\.)?(?<domain>.+)$;

    location / {
        root /sites/$domain;
    }
}

Ура! Вы, получили первый уровень в nginx, теперь получите еще 30 и вперед делиться конфигами

location ~ /\.ht
а какже .git, .svn, .ftpaccess? Добро пожаловать милости просим?
Все файлы с точкой в начале нужно считать скрытыми

location ~ /\. {
deny all;
access_log off;
log_not_found off;
}

Реврайт на www у вас 302, а обычно надо 301 чтобы происходила склейка (и обратите внимае тут в регулярке используется 1 карман, вы же почему-то www в скобки тоже взяли)

if ($host ~* www\.(.*)) {
set $host_without_www $1;
rewrite ^(.*)$ http://$host_without_www$1 permanent;
}

Вместо if (-e $request_filename) рекомендуется try files.
И вообще, в конфиге много магии, вкупе с 1 пуллом и юзером это делает его малопригодным для продакшена.

А так?

set $logName $sathost"_access.log";
access_log /var/log/nginx/all/$logName;

А вообще, Вам бы ещё не мешало разобраться с try_files, вместо этого огорода, ну и да, полистать чужие конфиги. Новичкам бы я этот не советовал.

    server_name _;  # хитрый ключик, обозначающий, что этот конфиг применим для любого сайта

Нет. Это имя выбирают, чтобы с другими server не пересекалось.

    listen 80 default; # этот конфиг - умолчательный для 80 порта

Вот этот ключ говорит nginx, что если подходящий server не найдет, использовать этот.

        fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /var/www/all/$sathost/$fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;

Потенциально бажный кусок. include после всех директив приведет к переопределению ранее инициированных значений.

Правильно делать в include на файл в который вынесены общие правила и дальше ниже по конфигу для конкретного location задать требуемые значения.

Вот кусок из моих конфигов:

server {
	...
    location / {
        index       index.php;
        try_files   $uri $uri/ @backend;
    }

    location ~ \.php$ {
        try_files       $uri @backend;
        fastcgi_pass    unix:/var/www/tmp/$server_name.fastcgi.socket;
        fastcgi_index   index.php;

        include         /etc/nginx/fastcgi_params;

        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME     /www/$server_name/public$fastcgi_script_name;
        fastcgi_param   QUERY_STRING        q=$uri&$args;
        fastcgi_param   REQUEST_URI         q=$uri&$args;
        fastcgi_param   DOCUMENT_ROOT       /www/$server_name/public;
    }

    location @backend {
        fastcgi_pass    unix:/var/www/tmp/$server_name.fastcgi.socket;
        fastcgi_index   index.php;

        include         /etc/nginx/fastcgi_params;

        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME     /www/$server_name/public/index.php;
        fastcgi_param   SCRIPT_NAME         index.php;
        fastcgi_param   QUERY_STRING        q=$uri&$args;
        fastcgi_param   REQUEST_URI         q=$uri&$args;
        fastcgi_param   DOCUMENT_ROOT       /www/$server_name/public;
    }
}

Если вам приходилось настраивать Nginx под нужды… сеошников…
…
3. Делает стандартный редирект на index.php в корне сайта при запросе несуществующего пути.

Что-то бред какой-то. Такой редирект явно не на пользу сео.
Если путь не существует — надо на 404 страницу слать людей.