Стоит ли использовать компрессию NTFS одновременно с дедупликацией Windows?

TLDR; Нет.

Сжатие NTFS (NTFS compression) было эффективным средством экономии места на файловых серверах до появления дедупликации Windows.

Эффективность совместного использования компрессии и дедупликации всегда была под вопросом, так как дедупликация по умолчанию сжимает данные чанков. Сжатие можно опционально отключить для определенных типов файлов (-NoCompressionFileType), или отключить полностью (-NoCompress $true).

Осторожно! Если дедуплицировать том, на котором NTFS компрессия включена на уровне тома (а не отдельных папок), это приведет к необратимому повреждению файлов.

Ответ на вопрос поста получим опытным путём.
Эксперимент проведен на папке с пользовательскими данными размером 1,58 TB, 2 063 394 Files, 257 482 Folders.

Результат дедупликации тома с несжатой папкой:
PS C:\Windows\system32> Get-DedupStatus M:
FreeSpace SavedSpace OptimizedFiles InPolicyFiles Volume
584.8 GB 1.76 TB 2162406 2162390 M:

Сжимаем папку NTFS compression (compact /c /s /i) и повторяем эксперимент:
PS C:\Windows\system32> Get-DedupStatus M:
FreeSpace SavedSpace OptimizedFiles InPolicyFiles Volume
343.11 GB 1.44 TB 1578839 2157096 M:

После дедупликации тома со сжатой папкой свободно осталось лишь 343 Gb (против 584 Gb), данные занимают на 205 Gb больше.

Вывод - одновременное использование NTFS compression и Windows Deduplication с высокой вероятностью будет менее эффективно, чем использование только Windows Deduplication.