Слушаем пользовательский ввод с помощью “Raw Input API” для управления фоновым приложением

Да, можно. Добавил обработку мышиных событий в тестовый проект на GitHub. Там можно посмотреть, как это сделать.

Слушаем пользовательский ввод с помощью “Raw Input API” для управления фоновым приложением

Есть такие способы. Но я бы их использовал только в случае острой необходимости.

1. Можно попробовать комбинацию хуков и raw input API. Из приложения нужно поставить хуки на WH_CALLWNDPROC с помощью SetWindowsHookEx (HINSTANCE должно указывать на соответствующую разрядности dll-ку). Эти dll-ки грузятся во все процессы. В них при загрузке делается всё то, что я описывал в статье про работу с raw input. Там же выполняется разбор пользовательского ввода. Если это нужное сообщение, обрабатываем его сами. Вот тут можно глянуть про запрет ввода.
   
2. Фильтр-драйвер.