Много мифов связанных с вконтакте и похоже со всеми ресурсами. Главное опровержение мифов особенно про контакт и хабр– это мы. Еще за долго до того, как нас взяли в коммерческий блог, еще за долго до того, как я решил представлять всех нас, а не только себя, те. с самого начала существования аккаунта, с которого я пишу, — никогда не выкладывал абсолютно технические статьи.
Я биолог, которого захабрила (страшно даже говорить) администрация с моей самой первой статьей за 30+. И эта статья была об эволюции клещей, потом последовала еще статья о клещах, потом о щитнях, снова о клещах (неудачные), о древних членистоногих и т.д. Потом я стал выкладывать не только свои статьи, а статьи наших авторов о млекопитающих, динозаврах и +100500 таких статей не разу не it. Деньги наи за них никто не платил и зарплату тоже. Были статьи удачные, были провальные, которых съел черновик.
Нас не переваривали многие, некоторые до сих пор пытаются переварить, но у щитня есть хитиновый панцирь, о который токсики ломают зубы. Меня презирали многие особенно за мои издевательские комментарии и мега-токсичное поведение на грани хамства, но все же вежливые. К слову, у моих недругов было ровно такое же поведение. Забавно, что нам пытались наступить на хвост и иногда успешно, но чаще нет, спотыкаясь на своей демогогии.
Я ловил баны, много банов. Не спорю мне было стыдно за свое поведение, но я исправился, а вот токсики нет=). Вконтакте, оттуда откуда мы пришли такого не было... И кстати не было и нет матов, за этим мы строго следим. Практически нет хейта, мы даже не знали такого слова пока не оказались здесь. Здесь было жестко, порой больно и обидно.. Хабр очень жесткая школа и выбивает палками все д*мо.
Но...
Будучи специалистами естественных наук и не являясь гуру бизнеса и менеджмента— мы выжили и отвоевали место! Адаптируясь к местной атмосфере отращивая хитиновый покров и хабра мускулы мы нашли многих друзей. У нас появилось много сторонников, которых в два раза больше чем наших недругов. Они наши читатели и наши друзья. Их поддержка сделала нас стойкими и не поколебимыми. Даже часть наших недругов стали нашими друзьями и многих в будущем это удивит. Уверен в нас полетят тапки, обвиняя нас в двойных стандартах, но извините лучше дружить чем постоянно воевать. Топор войны похоронен.
Нас забрали в крутой блог в котором хорошо платят, но это отложило и негативную тень в виде обвинений о про плаченности, иммунитете к критике и саморегуляции с помощью сил блога и твинководстве. Но все обвинения рушатся об несколько фактов:
1) Статьи в коммерческом блоге спокойно критикуются (откройте последние статьи)
2) Статьи в коммерческом блоге связали it и биологию и мы пишем там то, что от нас никто никогда не ждал. Токсики хотели хабра-тему и технические статьи в коммерции? Пожалуйста! Вот они! Но, проблема в том, что в эти статьи мы точно также выкладываем 200% души, времени, боли и сил, но они с трудом набирают 20–30+, а наши читатели хотят просто биологии и в открытую об этом пишут и из этого вытекает пункт 3.
3) Статьи, которые публикуются не по профильной технической части (математика, биоинформатика, бигдата и подобные им), за которые мы получаем неплохие деньги— мало кому интересны. Наши статьи об истории науки, котиках, слониках, таракашках, цветочках, за которые мы не получаем даже одну копейку рвут шаблон хабра, как о абсолютно техническом ресурсе и достигают от +50 до 100 голосов против 20 голосов за технические статьи. Справедливо замечу, что и писать о котиках, таракашках и прочем нам в разы интересней и они и выходят со стороны видимо более ламповыми, но с другой стороны мы везде вкладываем душу.
Послесловие:
1) Вконтакте обитают одни хейтеры и общаются мат на мате— миф. Зайдите в фанерозой.
2) Хабр обитель узкоспециализированных технических специалистов— миф. Мы естественнонаучники, а помимо нас здесь обитают Ася Казанцева, Панчин Александр, Сергей Бессараб, Наука SciTeam, сообщество историков Cat.Cat и куча ботаников, палеонтологов и биологов.
3) Хабр — скупая реальность блоги. Миф. На хабре я найду +100500 статей от авторов далеких от блогов.
4) Постулируемые ценности на хабре в виде уникального технического контента на узкие темы, а вконтакте бизнес— миф, который разрушался бы уже и самой статьей —
Скупая реальность: Корпоративные блоги и реклама
Если бы не не три "но"...
1) Такой скупой реальности на хабре нет.
2)Постулируемые ценности на хабре: уникальный потрясающий технический контент не только на узкоспециализированные темы, но и технически уникально написанный и потрясающий контент на широкоспециализированные темы всех хабов вместе взятых.
3) Вконтакте— это не только бизнес, покуда вконтакте также есть хабр и есть фанерозой, который уже по настоящему также часть хабра и нас читают хабражители, которых на нас подписано много.
На геостанции в п. Железо, от станции Партизанской (Лужский р-он) однажды находил саранчу этим летом. В любом случае, это нельзя интерпретировать в духе "все они здесь живут", скорее всего залетные, хотя если теперь каждое лето будет таким жарким в наших краях, то фиг его знает
Я вам фото не предоставлю,,но нашел статью многоуважаемого мной наставника— Озерского Павла Викторовича, эколога, чей научный интерес был прямокрылые в свое время. Собственно в спойлере:
Можно было итак сделать, но мы решили географию и описание вида засунуть в серединку, чтоб не раскрывать все сразу. Все же надеюсь, что статья Вам понравилась=)
NCBI BLAST работает на алгоритмах BLAST. Далее из нашей статьи
Позже появился алгоритм BLAST, который позволяет осуществлять быстрый и оптимизированный поиск в базах данных последовательностей генов. BLAST и его модификации — одни из наиболее широко используемых алгоритмов для этой цели
Да я сам если честно не понимаю недовольства. Об этом же написано в статье, а ugene вообще как пример программы приведен. Как видно из этого комментария
Сложный для понимания там формат изложения материала. Половина предложений грамматически не согласована, вторая половина - не понятно для чего написана.
говоря на сленге, критики не выкупили статью из-за стиля написания.
Сюрприз под утро....Лично для меня.... Спасибо за то, что ты просто есть, спасибо и за то, что ты делаешь, отдавая себя и научной сфере и выкладываясь в команде на 200%. Ты важный для нас человек и для меня. Благодарю за все.
BLAST - это в первую очередь алгоритм (семейство алгоритмов). ...BLAST появился в 90м и использовался везде и всеми, так что даже в русскоязычном сообществе люди говорят "бластить". Ugene появился в 2008, и его почти не знают.
Не противоречат тому что написано в статье. Все почти тоже самое за некоторым исключением про известность и то, с этим статья не спорит. Спасибо, что процитировали нашу статью своими словами.
Позже появился алгоритм BLAST, который позволяет осуществлять быстрый и оптимизированный поиск в базах данных последовательностей генов. BLAST и его модификации — одни из наиболее широко используемых алгоритмов для этой цели.....
Мы действительно знаем что Ugene - одна из 100500 софтин которые умеют в выравнивания, но их умеет делать и интерфейс ncbi, который работает на алгоритмах Blast, о чем написано и на самом сайте. Да и сам Blast делает тоже самое.Поэтому Ваша часть цитаты
Справедливости ради, сравнение BLAST с Ugene действительно нелепое.
скорее ваша цитата выглядит забавно, так как UGENE и DNAStar цитирую:
обладают примерно теми же функциями, однако пользование ими для обычного человека затруднено, к тому же есть платные пакеты с расширенным функционалом.
Касаемо этого:
Не вполне ясно зачем писать коротенькую статейку о филде про который написаны тома и тома.
Статья посвящена далеко не только филду, так как статья посвящена геномике, биоинформатике и немного bigdata. Если об этом читать не прыгая через строчку, то должно быть понятно.
Достижения в области геномики вызвали революцию в исследованиях, основанных на открытиях, и в системной биологии, чтобы облегчить понимание даже самых сложных биологических систем, таких как мозг." Это о чем вообще?
О достижениях в области геномики которые произвели колосальный прорыв в различных исследованиях, которые опирались на открытия в том числе таких дисциплин как кибернетка, системный анализ, системная инженерия, системная нейрофизиология (все что попадает в системную биологию) и тем самым эти достижения облегчают понимание даже самых сложных систем таких как мозг. Ничего сложного для понимания в цитате нет.
2) Морфологию мозга Савельева признаюсь не читал, но очень трудно переосилить себя к прочтению после номинации Савельева на премию ВРАЛ. Ученый во многих вещах заблуждался, за что наши коллеги из портала антропогенез вполне заслуженно его критиковали.
Выравнивание в blast ncbi, который по сути и есть blast происходит след. образом: загружается файл fasta и далее можно произвести множественное выравнивание. Выравнивание в ugene— загружается файл fasta и производится множественное выравнивание.
Вы сравниваете не сравниваемое и не понимаете этого. Это как сравнивать IDE и библиотеку из какого-нибудь языка.
Вы осознаете отличие между бластом и веб интерфейсом к нему на ncbi?
И аппеляция прежде всего к Вашей квалификации и качеству статьи. Нужно разбираться в области прежде чем писать обзорные статьи, пусть и научпоп.
Веб интерфейс бласта представлен для удобства работы с алгоритмом бласт, по сути на ncbi работают на алгоритме blast, при помощи интерфейса. Об этом написано и в списке литературы.
P.S. Мы разбираемся в области в которой пишем. Мы считаем, что ответили максимально развернуто, на абстрактные претензии и мы так и не увидели от Вас компетентных комментариев без переходов на личности. Поэтому мы справедливо считаем, что этот вопрос закрыт. Если же вы хотите поспорить, то напишите опровержение данной статьи. Далее мы не будем кормить вас нашим временем. Всего доброго.
С десятками не работал, но работал с тысячей. Сложно, долго, мучительно, но возможно. Работал с десятком тысяч в mega 10 при нажатии ncbi blast. Там есть эта функция. Комп при этом работает сутками.
будете работать с десятком тысяч генов "в визуализации на странице ncbi".
К туче таких же как и blast
Blast - это лишь один сравнительно небольшой, но популярный пакет тулов. Ugene - это по сути обертка и графический интерфейс к куче тулов. Не только к blast.
И? Работают многими способами, где это отрицалось? Вопрос риторический— нигде не отрицалось, это был пример.
С генами работают многими способами. И не только используя выравнивания. И не только на ncbi. И не только с деятком-другим генов.
С бластом никто не запрещал сравнивать. Мы могли сравнить и с Genious, но решили сравнить с Blast, как и ученые в списках использованной литературы тоже сравнивали. И ничего страшного не произошло.
Ugene корректно сравнивать, например, с Genious. Но никак не с бластом.
Аппеляция к личности.
От этой статьи откровенно бомбит. Мои студенты отчеты лучше пишут.
P.S. Не бомбите в комментариях. Напишите опровержение этой статьи на хабре.
Текст был написан при консультации с биоинформатиками. Касаемо обертки, дык с генами работают в визуализации на странице ncbi. В Ugene есть куча всего того, что и есть в blast.
Например, пишете про blast как алгоритм, потом внезапно даете скрин страницы ncbi blast, который есть лишь веб обертка над бластом.
Замечательное дополнение к статье. И Вам спасибо за комментарий =)
Много мифов связанных с вконтакте и похоже со всеми ресурсами. Главное опровержение мифов особенно про контакт и хабр– это мы. Еще за долго до того, как нас взяли в коммерческий блог, еще за долго до того, как я решил представлять всех нас, а не только себя, те. с самого начала существования аккаунта, с которого я пишу, — никогда не выкладывал абсолютно технические статьи.
Я биолог, которого захабрила (страшно даже говорить) администрация с моей самой первой статьей за 30+. И эта статья была об эволюции клещей, потом последовала еще статья о клещах, потом о щитнях, снова о клещах (неудачные), о древних членистоногих и т.д. Потом я стал выкладывать не только свои статьи, а статьи наших авторов о млекопитающих, динозаврах и +100500 таких статей не разу не it. Деньги наи за них никто не платил и зарплату тоже. Были статьи удачные, были провальные, которых съел черновик.
Нас не переваривали многие, некоторые до сих пор пытаются переварить, но у щитня есть хитиновый панцирь, о который токсики ломают зубы. Меня презирали многие особенно за мои издевательские комментарии и мега-токсичное поведение на грани хамства, но все же вежливые. К слову, у моих недругов было ровно такое же поведение. Забавно, что нам пытались наступить на хвост и иногда успешно, но чаще нет, спотыкаясь на своей демогогии.
Я ловил баны, много банов. Не спорю мне было стыдно за свое поведение, но я исправился, а вот токсики нет=). Вконтакте, оттуда откуда мы пришли такого не было... И кстати не было и нет матов, за этим мы строго следим. Практически нет хейта, мы даже не знали такого слова пока не оказались здесь. Здесь было жестко, порой больно и обидно.. Хабр очень жесткая школа и выбивает палками все д*мо.
Но...
Будучи специалистами естественных наук и не являясь гуру бизнеса и менеджмента— мы выжили и отвоевали место! Адаптируясь к местной атмосфере отращивая хитиновый покров и хабра мускулы мы нашли многих друзей. У нас появилось много сторонников, которых в два раза больше чем наших недругов. Они наши читатели и наши друзья. Их поддержка сделала нас стойкими и не поколебимыми. Даже часть наших недругов стали нашими друзьями и многих в будущем это удивит. Уверен в нас полетят тапки, обвиняя нас в двойных стандартах, но извините лучше дружить чем постоянно воевать. Топор войны похоронен.
Нас забрали в крутой блог в котором хорошо платят, но это отложило и негативную тень в виде обвинений о про плаченности, иммунитете к критике и саморегуляции с помощью сил блога и твинководстве. Но все обвинения рушатся об несколько фактов:
1) Статьи в коммерческом блоге спокойно критикуются (откройте последние статьи)
2) Статьи в коммерческом блоге связали it и биологию и мы пишем там то, что от нас никто никогда не ждал. Токсики хотели хабра-тему и технические статьи в коммерции? Пожалуйста! Вот они! Но, проблема в том, что в эти статьи мы точно также выкладываем 200% души, времени, боли и сил, но они с трудом набирают 20–30+, а наши читатели хотят просто биологии и в открытую об этом пишут и из этого вытекает пункт 3.
3) Статьи, которые публикуются не по профильной технической части (математика, биоинформатика, бигдата и подобные им), за которые мы получаем неплохие деньги— мало кому интересны. Наши статьи об истории науки, котиках, слониках, таракашках, цветочках, за которые мы не получаем даже одну копейку рвут шаблон хабра, как о абсолютно техническом ресурсе и достигают от +50 до 100 голосов против 20 голосов за технические статьи. Справедливо замечу, что и писать о котиках, таракашках и прочем нам в разы интересней и они и выходят со стороны видимо более ламповыми, но с другой стороны мы везде вкладываем душу.
Послесловие:
1) Вконтакте обитают одни хейтеры и общаются мат на мате— миф. Зайдите в фанерозой.
2) Хабр обитель узкоспециализированных технических специалистов— миф. Мы естественнонаучники, а помимо нас здесь обитают Ася Казанцева, Панчин Александр, Сергей Бессараб, Наука SciTeam, сообщество историков Cat.Cat и куча ботаников, палеонтологов и биологов.
3) Хабр — скупая реальность блоги. Миф. На хабре я найду +100500 статей от авторов далеких от блогов.
4) Постулируемые ценности на хабре в виде уникального технического контента на узкие темы, а вконтакте бизнес— миф, который разрушался бы уже и самой статьей —
Если бы не не три "но"...
1) Такой скупой реальности на хабре нет.
2)Постулируемые ценности на хабре: уникальный потрясающий технический контент не только на узкоспециализированные темы, но и технически уникально написанный и потрясающий контент на широкоспециализированные темы всех хабов вместе взятых.
3) Вконтакте— это не только бизнес, покуда вконтакте также есть хабр и есть фанерозой, который уже по настоящему также часть хабра и нас читают хабражители, которых на нас подписано много.
Как-то так.=)
На геостанции в п. Железо, от станции Партизанской (Лужский р-он) однажды находил саранчу этим летом. В любом случае, это нельзя интерпретировать в духе "все они здесь живут", скорее всего залетные, хотя если теперь каждое лето будет таким жарким в наших краях, то фиг его знает
Я вам фото не предоставлю,,но нашел статью многоуважаемого мной наставника— Озерского Павла Викторовича, эколога, чей научный интерес был прямокрылые в свое время. Собственно в спойлере:
Спойлер
Здоровский материал. Я вот склоняюсь у мысли, что действительно планет-океанов может быть больше))
Можно было итак сделать, но мы решили географию и описание вида засунуть в серединку, чтоб не раскрывать все сразу. Все же надеюсь, что статья Вам понравилась=)
хорошая статья. Спасибо
Во-первых, внизу ссылки на источники, во-вторых, структурная геномика занимается предсказанием структуры белков.
В BLAST ncbi делается множественное выравнивание. BLAST ncbi работает на BLAST - basic local alignment serch tool.
NCBI BLAST работает на алгоритмах BLAST. Далее из нашей статьи
Да я сам если честно не понимаю недовольства. Об этом же написано в статье, а ugene вообще как пример программы приведен. Как видно из этого комментария
говоря на сленге, критики не выкупили статью из-за стиля написания.
Любое мнение, важно. Спасибо за критику.
Сюрприз под утро....Лично для меня.... Спасибо за то, что ты просто есть, спасибо и за то, что ты делаешь, отдавая себя и научной сфере и выкладываясь в команде на 200%. Ты важный для нас человек и для меня. Благодарю за все.
Ваши части цитат
Не противоречат тому что написано в статье. Все почти тоже самое за некоторым исключением про известность и то, с этим статья не спорит. Спасибо, что процитировали нашу статью своими словами.
Мы действительно знаем что Ugene - одна из 100500 софтин которые умеют в выравнивания, но их умеет делать и интерфейс ncbi, который работает на алгоритмах Blast, о чем написано и на самом сайте. Да и сам Blast делает тоже самое.Поэтому Ваша часть цитаты
скорее ваша цитата выглядит забавно, так как UGENE и DNAStar цитирую:
Касаемо этого:
Статья посвящена далеко не только филду, так как статья посвящена геномике, биоинформатике и немного bigdata. Если об этом читать не прыгая через строчку, то должно быть понятно.
О достижениях в области геномики которые произвели колосальный прорыв в различных исследованиях, которые опирались на открытия в том числе таких дисциплин как кибернетка, системный анализ, системная инженерия, системная нейрофизиология (все что попадает в системную биологию) и тем самым эти достижения облегчают понимание даже самых сложных систем таких как мозг. Ничего сложного для понимания в цитате нет.
1) Тушку размечивают хокс-гены.
2) Морфологию мозга Савельева признаюсь не читал, но очень трудно переосилить себя к прочтению после номинации Савельева на премию ВРАЛ. Ученый во многих вещах заблуждался, за что наши коллеги из портала антропогенез вполне заслуженно его критиковали.
Выравнивание в blast ncbi, который по сути и есть blast происходит след. образом: загружается файл fasta и далее можно произвести множественное выравнивание. Выравнивание в ugene— загружается файл fasta и производится множественное выравнивание.
Веб интерфейс бласта представлен для удобства работы с алгоритмом бласт, по сути на ncbi работают на алгоритме blast, при помощи интерфейса. Об этом написано и в списке литературы.
P.S. Мы разбираемся в области в которой пишем. Мы считаем, что ответили максимально развернуто, на абстрактные претензии и мы так и не увидели от Вас компетентных комментариев без переходов на личности. Поэтому мы справедливо считаем, что этот вопрос закрыт. Если же вы хотите поспорить, то напишите опровержение данной статьи. Далее мы не будем кормить вас нашим временем. Всего доброго.
С десятками не работал, но работал с тысячей. Сложно, долго, мучительно, но возможно. Работал с десятком тысяч в mega 10 при нажатии ncbi blast. Там есть эта функция. Комп при этом работает сутками.
К туче таких же как и blast
И? Работают многими способами, где это отрицалось? Вопрос риторический— нигде не отрицалось, это был пример.
С бластом никто не запрещал сравнивать. Мы могли сравнить и с Genious, но решили сравнить с Blast, как и ученые в списках использованной литературы тоже сравнивали. И ничего страшного не произошло.
Аппеляция к личности.
P.S. Не бомбите в комментариях. Напишите опровержение этой статьи на хабре.
Текст был написан при консультации с биоинформатиками. Касаемо обертки, дык с генами работают в визуализации на странице ncbi. В Ugene есть куча всего того, что и есть в blast.
Аппеляция к личности....