За 2 года работы с Magento, я много раз встречал, когда изменяя какой либо модуль для своих нужд, разработчики зачастую меняют сам модуль (блок, модель, хелпер), при этом, не используя возможности предоставляемые самой Magento. Magento это продукт который очень удобен для сторонних разработчиков, в плане дополнения и изменения базовой логики, и дает большие возможности разработчикам которые внедряют эту систему.