CEF, ES6, Angular 2, WebPack 2 .Net Core десктопное приложение без серверной части

Я бы вам рекомендовал поглядеть документацию еще раз. Тык.

CEF, ES6, Angular 2, WebPack 2 .Net Core десктопное приложение без серверной части

Добавляются лишние ./

У вас в publicPath стоит "./" поэтому и добавляется.