Pull to refresh
20
0
Тимур Абдуалимов @TimurAbdualimov

Врач кардиолог, data scientist.

Send message

DatRet: Реализация Tensorflow для табличных данных

Reading time7 min
Views3.9K

Мой open-source продукт. Rete neurale per la previsione di Dati tabulari. (it.)

Простая реализация архитектуры глубокой нейронной сети для табличных данных с автоматической генерацией слоев и послойным сокращением количества нейронов. С удобством использования, аналогичным классическим методам машинного обучения.

В данной статье рассмотрим причину создания данной библиотеки, проведем "туториал" и сравним точность прогнозирования DatRetClassifier и DatRetRegressor с классическими методами машинного обучения.

Читать далее

NoNa: Алгоритм заполнения отсутствующих данных

Reading time5 min
Views12K
Читать далее

UNet++: Реализация архитектуры UNet++ на TensorFlow для сегментации ядер клеток

Reading time9 min
Views9.9K

Мощная архитектура для сегментации медицинских изображений. Эта архитектура, по сути, представляет собой сеть кодировщик-декодер с глубоким обучением, в которой подсети кодера и декодера соединены серией вложенных слоев. Переработанные слои направлены на сокращение семантического разрыва между картами признаков подсетей кодировщика и декодера.

Читать далее

Одновременная генерация структурированных табличных данных и изображений при помощи GAN

Reading time9 min
Views2.8K

Мы хорошо знаем GAN за успехи в создании реалистичных изображений. Не так хорошо знаем о формировании табличных данных. Однако их возможно применять при одномоментной реализации табличных данных и изображений.

Зачем генерировать одновременно табличные данные и изображение?

Я создал приложение coronarography.ai. На вход нейронной сети подаются структурированные данные (факторы риска развития сердечных заболеваний) и изображение ЭКГ, на выходе получаем патологию магистральных артерий сердца. Мне стало интересно проверить точность прогнозирования обученной нейронной сети на синтетических сгенерированных данных. Почему бы и нет) Проведем аугментацию выборки при помощи GAN и посмотрим точность обученной нейронной сети на синтетических данных. Для этого необходимо эти синтетические данные получить.

Описание проблемы

Мы имеем структурированные данные. В них содержится информация по каждому наблюдаемому пациенту в виде наличия факторов риска развития сердечно-сосудистых заболеваний в бинарной форме. К каждому наблюдению прикреплено ЭКГ изображение. То есть одному пациенту соответствуют факторы риска и одно изображение ЭКГ, снятое до суток до выполнения инвазивной коронарографии, это данные которые прогнозирует основная обученная нейронная сеть.

Нам необходимо одновременно генерировать структурированные данные (факторы риска и таргеты виде поражения артерий сердца) и картинку - ЭКГ изображение. Я в литературе не встречал подобных примеров, чтобы генерировали одновременно табличные данных и картинку. Что ж, сделаем впервые). Сгенерируем 1500000 синтетических наблюдаемых в виде табличных данных и ЭКГ изображения.

Читать далее

Создание изображений с использованием генеративно-состязательных нейронных сетей (GAN) на примере ЭКГ

Reading time6 min
Views20K

Для создания изображений с помощью GAN я буду использовать Tensorflow.

Генеративно-состязательная сеть (GAN) — это модель машинного обучения, в которой две нейронные сети соревнуются друг с другом, чтобы быть более точными в своих прогнозах.

Как работают GAN?

Первым шагом в создании GAN является определение желаемого конечного результата и сбор начального набора обучающих данных на основе этих параметров. Затем эти данные рандомизируются и передаются в генератор до тех пор, пока они не достигнут базовой точности в получении результатов.

После этого сгенерированные изображения передаются в дискриминатор вместе с фактическими точками данных из исходной концепции. Дискриминатор фильтрует информацию и возвращает вероятность от 0 до 1, чтобы представить подлинность каждого изображения (1 соответствует реальному, а 0 соответствует ложному). Эти значения затем проверяются на точность и повторяются до тех пор, пока не будет достигнут желаемый результат.

Зачем генерировать изображение ЭКГ?

Я создал проект coronarography.ai . В нем на вход подается изображение ЭКГ, а на выходе мы получаем наличие патологии магистральных артерий сердца. Мне стало интересно проверить принципиальную возможность генерации изображений ЭКГ и сравнить полученные изображения с реальными.

Читать далее

Применение генеративно-состязательных нейронных сетей (GAN) в клинических исследованиях

Reading time2 min
Views2.4K

Клинические испытания новых методов лечения делятся на несколько этапов, называемых фазами. На самых ранних этапах испытаний нужно учитывать безопасность лекарственного средства или побочные эффекты, которые оно вызывает. Более поздние фазы испытаний направлены на то, чтобы проверить, лучше ли новое лечение, чем существующие.

Существует 3 основных фазы клинических испытаний — фазы с 1 по 3. Испытания фазы 1 — это самые ранние фазы испытаний, а испытания фазы 3 — испытания более поздней фазы.

Некоторые испытания имеют более раннюю стадию, называемую фазой 0, а некоторые испытания фазы 4 проводятся после того, как лекарство было лицензировано.

Читать далее

CORONAROGRAPHY.AI

Reading time15 min
Views4.7K

Предложен новый подход в выявлении коронарной болезни сердца. С помощью нейросетевого анализа создана модель диагностики ишемической болезни сердца, выявляющая ишемию миокарда, патологию магистральных коронарных артерий. В задачу исследования входило сравнить точность обученной модели нейронной сети на входных структурированных данных (пол и возраст, уровень холестерина, наличие хронических заболеваний, наследственные факторы, образ жизни и пр.)  и ЭКГ-изображений с результатами классической инвазивной коронарографии. Доказана высокая чувствительность и достоверность предложенной диагностической модели на 1500150 наблюдений. Проведено сравнение модели с классическими методами диагностики преходящей ишемии миокарда – тредмил-тест, суточное мониторирование ЭКГ. Выявлено значимое превосходство представленной диагностической модели. Оценена точность прогнозов с профильными специалистами-кардиологами, ежедневно курирующих пациентов с ОКС. В данной статье также предложен новый метод экстраполяции выборки с помощью генеративно-состязательных нейронных сетей, позволяющим превзойти объём наблюдений, использующихся в классических мета-анализах.

Создано мобильное приложение для определения патологии артерий сердца.

IOS

Android

Читать далее

Раскрашивание изображений с использованием нейронных сетей

Reading time3 min
Views11K

Раскрашивание изображений с использованием нейронных сетей

DeOldify — это проект, основанный на глубоком обучении, для раскрашивания и восстановления изображений. Модель использует архитектуру NoGAN для обучения модели.

Мы будем использовать эту модель, чтобы преобразовать некоторые черно-белые фотографии, добавив к ним цвет.

Читать далее

4х повышение разрешения изображения с использованием ESRGAN

Reading time2 min
Views12K

4х повышение разрешения изображения с использованием ESRGAN

В данной статье разобрано применение предобученной нейронной сети ESRGAN для увеличения разрешения изображения в четыре раза c использованием tensorflow hub.

Читать далее

Information

Rating
Does not participate
Location
Санкт-Петербург, Санкт-Петербург и область, Россия
Date of birth
Registered
Activity

Specialization

Fullstack Developer, Data Scientist
Lead
Python
JavaScript
React Native
TENSORFLOW
Software development
React