Повторялась ошибка у некоторых пользователей и только с определенной версией браузера Opera, в которой наши заголовки обрабатывались некорректно. Причем в других браузерах и версиях всё было хорошо.
Показ исходников из корня ещё можно как-то объяснить. Но вот почему файлы из classes отдавались в исходников без всяких дополнительных манипуляций — загадка.
IE7 выдавал тоже самое.