Подписалась на Ваш канал и почитала статьи - они очень интересные! Как вы думаете, если сказать агентам, что у них не просто обнулится бюджет, а они, например, умрут при нулевом балансе, изменится ли их поведение? Будет ли у них что-то типа страха?
Закодировать-то вы можете бинарником, но как это будет работать? Если без бинарника я хотя бы теоретически могу представить счётчик, то с бинарником - нет. Например, есть условно белок с десятком субъединиц. Если он встречается с А, то допустим первая субъединица фосфоририруется. Если с С, то дефосфорилируется. Если разница в два нуклеотида, то будут фосфорилированы две последовательные субъединицы. Ну наверно так можно закодировать разницу между количеством А и С (вопрос, что делать с Т и G) до условных 10 нуклеотидов. Но как в такой схеме закодировать бинарником? Мне кажется, вы хотите слишком многого от белков...
А, не, я туплю про 10000 единиц. Вы же разницу между количеством разных нуклеотидов записываете. Ещё подумаю :) Хотя цифру 73 тоже ещё надо умудриться записать... Но вопрос про влияние нейтральных мутаций остаётся
Стало понятнее, спасибо. Но реализация не так понятна. Медианный размер гена, как говорит гугл - 24 тыс п.н. Вы действительно думаете, что можно создать белок, который отличит условные 10000 ед от 9999? И я слабо представляю себе белок, в котором можно закодировать такое число с помощью чего-то типа фосфорилирования. А ведь бывают гены длиной сотни тысяч пар нуклеотидов... Подавляющее число мутаций - нейтральные. Если вы будете штрафовать клетку за каждую нейтральную мутацию, не отправите ли вы слишком много клеток в апоптоз? P.S. Наверно, имеет смысл вставлять такие последовательности куда-то в интроны, а не на конце гена, чтобы проверяемые последовательности были покороче, но интроны тоже не совсем бессмыссленный мусор...
Прочитала вашу статью про контрольные точки. Если я правильно поняла, то вы хотите проверять целостность важных участков генома по встроенным рядом с этими участками специальных последовательностей. Но такая проверка сможет зафиксировать только крупные делеции, которые будут захватывать эти точки, ну либо мутации именно в этих участках, а не в самих генах условных онкосупрессоров/онкогенов. Как эти контрольные точки помогут выловить условные точечные мутации в важных генах, которые происходят гораздо чаще, чем крупные делеции?
Подписалась на Ваш канал и почитала статьи - они очень интересные! Как вы думаете, если сказать агентам, что у них не просто обнулится бюджет, а они, например, умрут при нулевом балансе, изменится ли их поведение? Будет ли у них что-то типа страха?
Закодировать-то вы можете бинарником, но как это будет работать? Если без бинарника я хотя бы теоретически могу представить счётчик, то с бинарником - нет. Например, есть условно белок с десятком субъединиц. Если он встречается с А, то допустим первая субъединица фосфоририруется. Если с С, то дефосфорилируется. Если разница в два нуклеотида, то будут фосфорилированы две последовательные субъединицы. Ну наверно так можно закодировать разницу между количеством А и С (вопрос, что делать с Т и G) до условных 10 нуклеотидов. Но как в такой схеме закодировать бинарником? Мне кажется, вы хотите слишком многого от белков...
А, не, я туплю про 10000 единиц. Вы же разницу между количеством разных нуклеотидов записываете. Ещё подумаю :) Хотя цифру 73 тоже ещё надо умудриться записать... Но вопрос про влияние нейтральных мутаций остаётся
Стало понятнее, спасибо. Но реализация не так понятна. Медианный размер гена, как говорит гугл - 24 тыс п.н. Вы действительно думаете, что можно создать белок, который отличит условные 10000 ед от 9999? И я слабо представляю себе белок, в котором можно закодировать такое число с помощью чего-то типа фосфорилирования. А ведь бывают гены длиной сотни тысяч пар нуклеотидов... Подавляющее число мутаций - нейтральные. Если вы будете штрафовать клетку за каждую нейтральную мутацию, не отправите ли вы слишком много клеток в апоптоз? P.S. Наверно, имеет смысл вставлять такие последовательности куда-то в интроны, а не на конце гена, чтобы проверяемые последовательности были покороче, но интроны тоже не совсем бессмыссленный мусор...
Не поняла, где происходит подсчет нуклеотидов? Во встроенной последовательности? Но как это защитит от мутаций вне этой последовательности?
Прочитала вашу статью про контрольные точки. Если я правильно поняла, то вы хотите проверять целостность важных участков генома по встроенным рядом с этими участками специальных последовательностей. Но такая проверка сможет зафиксировать только крупные делеции, которые будут захватывать эти точки, ну либо мутации именно в этих участках, а не в самих генах условных онкосупрессоров/онкогенов. Как эти контрольные точки помогут выловить условные точечные мутации в важных генах, которые происходят гораздо чаще, чем крупные делеции?