Как мы с друзьями собрали сервис для построения маршрутов для походов и велопутешествий ActiveTrip.me

Все верно, BRouter строит только по waterway, а если река проходящая через озеро не соединена в OSM прямой, то маршрут вообще не построится. К сожалению пока нет движков умеющих как-то более умно раутить по водоемам.