Почему же с таким успехом не написать обычный метод, к примеру findOneByName, без SQL да в интерфейсе, наследуемом от JpaRepository и поместить его на сервисный слой? Что мешает понять этот код и найти его там, где ожидается?
Ну для начала у Вас не Spring Boot, а обычный Spring с xml конфигурациями. Boot позволяет как раз таки избегать application-context.xml и так далее. Потом, SQL запросы в коде? Почему бы не использовать JPA и Hibernate для таких вещей?
Почему же с таким успехом не написать обычный метод, к примеру findOneByName, без SQL да в интерфейсе, наследуемом от JpaRepository и поместить его на сервисный слой? Что мешает понять этот код и найти его там, где ожидается?