Ну, непредвзятых выступлений на подобные темы я вообще не видел. Кроме того, всегда авторы подобных лекция-статей-книг имеют крайней не ровные знания в разных ЯП. То есть прямо видно, что часто автор не в теме.
Что же касается Зуева, у него, судя по этому видео, предвзятость сместилась в сторону Rust/Swift/Go :-) По крайней мере он именно их перечисляет в списке перспективных ЯП, у которых есть будущее.
Ну и понятное дело, что библиотеки пишут на всех ЯП, как жить вообще без библиотек, то есть без повторного использования кода на данном ЯП?
То есть, вы, например, захотели на Обероне написать сайт. А что такого, почему бы и нет? И начинается морока… Веб-сервер вы не можете поднять свой на Обероне, чтобы потестировать легонько, какие-нибудь библиотеки вы подключить не можете, потому что их на Обероне нет. И всё это через какие-то костыли делается, силы уходят, и в общем вы плюете и пишете на чистом Си свой сайт вместо Оберона.
Пример не совсем удачный к сожалению, ибо например есть вот это: www.o3-software.de/en/index.xhtml Ну и для Active Oberon веб-сервак тоже есть искаропки.
Да и дернуть сишную либу можно легко из любого в общем императивного языка (особенно из реализации которая компилируется в нативный бинарь). Без костылей.
И, как показывает практика сертификации FDA (а я, по роду деятельности, немного в курсе как это делается), последующие тесты сертифицировать будет скорее всего уже проще и быстрее.
Они последовательно идут к тому, чтобы в США восстановить страничку про health information, только теперь каждый тест на каждое заболевание будет сертифицирован FDA и это будет железно гарантировать корректность результатов.
Ну а в других странах у них это доступно и так. В других странах живут более рискованные парни нежели в США :-)
Я не говорил, что если у кого-то есть эта лицензия, то этот кто-то ничего не может. Я лишь говорил, что наличие такой лицензии ничего не говорит о качестве услуг.
Поэтому разрешение FDA на 1 тест 23andme значит много больше чем эта лицензия на весь спектр услуг. Вот и всё.
Таким образом, у нас чтобы получить мед. лицензию на генетическое исследовани можно быть вполне себе гомеопатическим центром. Нужно лишь знать правильные выходы-выходы :-)
Получают мед. лицензию сразу оптом — на все возможные виды исследований и услуг. Оптом, видимо, дешевле :-)
Поэтому я и говорю — наличие мед. лицензии РФ ни о чем не говорит, кроме о том, что у компании всё на мази в плане общения с гос. органами. Но к качеству медицинских услуг это имеет, мягко говоря, опосредованное отношение.
Вот FDA — более серьезная организация и процедуры там более реальные (хотя и там имеются свои нюансы). Сертифицирование FDA + соответствие HIPAA дает много больше уверенности в том, что данный вид теста, данный прибор и услуга не является фигней сравнимой с услугами гомеопатов и целителей. И дает уверенность в том, что твоя protected health information не утечет в неизвестном направлении.
У компании Атлас есть полноценная медицинская лицензия atlas.ru/assets/pdf/license.pdf, и медицинская генетика там указана на странице 3. Гомеопаты и целители таких лицензий даже в хрустальном шаре не видели.
Я именно эту лицензию и имел ввиду. Гомеопатам конечно ни к чему иметь в этом перечне генетику, но вот диагностику и лечение они там имеют. Ровно та же самая форма лицензии. Например ЛО-77-01-000180
Ранее 23ия использовали чип Illumina Hap550, на котором снипов меньше, чем на humancoreexome24.
И-и? Все равно же 600 000 определяли:
The Illumina Human Hap550+ is a customizable DNA array that allows us to determine an individual’s genetic signature at nearly 600,000 locations on all 23 pairs of chromosomes, plus the mitochondrial DNA. Because Illumina’s technology lets our scientists select thousands of specific locations in the genome that they want to probe, we think it is the best genotyping platform for personalized genetics.
Итак, откуда же вы взяли, что у них было меньше чем у вас? Причем «как и I-gene», то есть вы оценивали 23andme в 6000 SNP (если это не так, назовите конкретную обоснованную цифру в которую вы оценивали старую версию 23andme), то есть на два порядка меньше. Откуда такие сравнения взялись?
Кстати, а вы каким чипом пользуетесь?
Баги в 23иЯ и предупреждение от FDA, далеко ходить не надо: geektimes.ru/post/203648 и geektimes.ru/post/203714
Ну, то есть другими словами потому, что:
потому, что достоверность этих данных не подтверждена и может ввести человека в заблуждение.
По части экспедиций активно сотрудничаем с Татьяной Татариновой, профессором Университета Южной Калифорнии (USC), биоинформатиком с более чем 15-летним опытом научных исследований. Занимается она генеалогией, биогеографией и функциональной аннотацией генома. В этой области Татьяна Татаринова с коллегами уже сделала несколько научных открытий: например, разработала основу структуры географической области народонаселения (GPS).
Вместе с ней и её командой работаем над новым алгоритмом по происхождению, который позволит с высокой точностью определять место вашего происхождения на территории России.
Это было бы здорово. Ибо сейчас, судя по демо-страничке, детализация хуже чем у 23andme.
набор снипов 23andme публично известен
Подкрепите ссылкой ваш тезис.
Эмм… Вы действительно не знаете как получить список тестируемых SNP 23andme, или притворяетесь? Вы настолько не знаете конкурента с которым сравниваете себя в статье?
Не хотелось бы, чтобы читатели подумали, будто ваши слова достоверно описывают действительность :)
Конечно вам бы не хотелось :-)
А чьи слова вообще достоверно описывают действительность? ;-) В науке мы знаем лишь когда мы ошибаемся, но мы никогда не можем быть уверены в том, что наша теория верна.
То что я сказал в двух постах — две стороны одной медали. Медицинские данные которые высвечивались в личном кабинете не были подтверждены, поэтому они не получили FDA, поэтому им запретили публиковать медицинские данные пациентов:
однако 23andMe не выполнила предписания, выдвинутые FDA в ответ на заявки 2012 года. Компания отказалась предоставить запрашиваемые FDA данные о достоверности результатов тестов.
И, кстати, у них процесс идет вперед. Они получили разрешение на детектирование синдрома Блума в 2015 году.
А как у вас? Лицензия которая вами получена… Ну это совсем не FDA. Я сейчас посмотрел — у нас гомеопатические центры тоже лицензии подобные имеют. То есть это (российская лицензия) не показатель качества, это скорее небольшая гарантия того, что тебя там не убьют быстро.
Попробуйте комментировать более обоснованно, не искажая реальные факты.
К вам это также относится. Хотелось бы получить от вас например ссылку, подтверждающую что например 23andme ранее имела менее 600 тысяч SNP в анализе. И вообще, на чем вы основывались, когда писали про то, что у 23andme много меньше SNP чем у вас, и что детализация хуже.
Кстати, также хочется от вас какого-то обоснованного подтверждения того, что:
Помимо того, что у 23иЯ было несколько глюков с отображением статуса «болен», когда на самом деле все было ок, они еще и оставляли своих клиентов наедине с данными, которые зачастую были не оптимистичными — риски, они ведь есть у всех, но пока о них не знаешь, то и не переживаешь.
И что именно поэтому им запретили в США публиковать эти данные.
Множество снипов 23ия и Атласа пересекаются, но ни одно не является подмножеством другого. Поэтому для некоторых из наших признаков на чипе 23ия не будет снипов, и данных будет меньше, чем по чипу Атласа.
А можно получить список снипов Атласа? Те семые 550 000. Чтобы любой человек мог сравнить этот набор тестируемых снипов с набором снипов 23andme (набор снипов 23andme публично известен).
Кроме всего прочего, это позволит точно выяснить насколько наборы SNP пересекаются у атласа и у 23andme. Может там 99% пересечение, а может и 20%. Это таки две большие разницы.
А то ведь после предыдущего вашего ляпа про то, что у 23andme хреновый чип настолько же насколько и у i-gene (вы ошиблись примерно в 100 раз), а у вас чип много-много лучше и набор SNP шире (а на самом деле уже), на слово верить уже как-то не хочется.
Да, можно проводить опросы среди пользователей, чтобы они указывали свое происхождение. Но этот метод полон ошибок и неточностей.
В реальности же все данные о генотипах тех или иных народностей получены в эспедициях, когда есть эталонная популяция, у которой собирается генетический материал. Сомневаюсь, что 23ия проводят такие экспедиции.
Поэтому считаю, что клиентская база — не источник достоверных данных о генетической антропологии. Наука-то серьезная, работать надо в полях.
Вопросы происхождения и прочего анализа геномов имеют несколько измерений. Например:
1) Где преимущественно жили ваши предки лет 600-700 назад (до великих географических открытий и массовых перемещений).
2) Откуда произошла ваша гаплогруппа (гаплогруппы). Это обычно десятки тысяч лет уже. При этом сам человек может уже не иметь ничего общего (кроме гаплогруппы) с этим предком который был тысяч 45 лет назад.
3) Где (в каких странах) сейчас живут люди с похожим на тебя генотипом, и где твои родственники разной степени отдаленности (затем с ними можно связаться и попробовать построить общее генеалогическое древо, таким образом выяснив более подробно свою родословную).
4) Частотное распределение фамилий у твоих отдаленных родственников.
Так вот, для ответа на вопрос номер (3) и (4) нужна большая пользовательская база. Для (1) и (2) нужны иные исследования. 23andme занимается в основном (3) и (4), по пунктам (1) и (2), насколько я понимаю, сотрудничает с крупнейшими университетами США.
И это только то, что касается генеалогии, у них еще ряд направлений имеется.
PS. А вы сами то проводите экспедиции в поля? Где про это прочитать можно? Научные публикации имеются?
Ну, как новый… 2014 год, может еще раньше. Что у них там сейчас — не могу сказать, возможно еще улучшили.
Возвращаясь к нашим баранам — коль у 23andme таки SNP не меньше чем у вас, следовательно таки имеется техническая возможность использовать SNP полученные через 23andme в вашем анализе?
Не думаете о введении такого сервиса?
PS. Насколько я понимаю, за счет большой пользовательской базы у 23andme таки будет всегда бОльшая точность детализированность в плане этносов и нахождения родственников (по миру) чем у вас. А у i-gene большая детальность по exUSSR и восточной европе, чем у вас и 23andme.
У 23andme 610 545 SNP. Так что тезис про то, что «У 23иЯ как и I-gene мало полиморфизмов на чипе, гораздо меньше, чем на чипе Атласовского теста.», мягко говоря, не состоятелен.
Да и ставить 23andme с i-gene по числу SNP никак нельзя. У i-gene всего порядка 6000 SNP.
Но, при всем при этом у i-gene детализация и статистика по национальностям народностей живущих и живших на территории восточной европы и России намного ЛУЧШЕ, чем у 23andme.
Насколько я вижу по вашему демо на сайте, у вас детализация в плане происхождения как минимум не лучше чем у 23andme, точнее даже хуже. И точно ни в какое сравнение со статистикой выдаваемой i-gene не идет.
Но с недавнего времени в личном кабинете американского 23andMe вы не получите данные о вашем здоровье, включая индивидуальную реакцию на лекарства и статус носительства наследственных заболеваний.
Никто не мешает заказать тест 23andme не в лаборатории США, а в канадской лаборатории, где будет вам и все о здоровье и о диете, и о детях: www.23andme.com/en-ca
PS. Кстати, в статье следовало уточнить, почему именно в США 23andme запретили таковые данные в личном кабинете высвечивать. Краткий ответ — потому, что достоверность этих данных не подтверждена и может ввести человека в заблуждение.
в этой статье чего стоит…
Насколько Страуструп ассемблерист, настолько и С++ минималистичный ЯП.
:-)
Что же касается Зуева, у него, судя по этому видео, предвзятость сместилась в сторону Rust/Swift/Go :-) По крайней мере он именно их перечисляет в списке перспективных ЯП, у которых есть будущее.
Ну и понятное дело, что библиотеки пишут на всех ЯП, как жить вообще без библиотек, то есть без повторного использования кода на данном ЯП?
По моему тут лучше рассказано. Хотя и не без огрехов конечно.
Пример не совсем удачный к сожалению, ибо например есть вот это: www.o3-software.de/en/index.xhtml Ну и для Active Oberon веб-сервак тоже есть искаропки.
Да и дернуть сишную либу можно легко из любого в общем императивного языка (особенно из реализации которая компилируется в нативный бинарь). Без костылей.
И, как показывает практика сертификации FDA (а я, по роду деятельности, немного в курсе как это делается), последующие тесты сертифицировать будет скорее всего уже проще и быстрее.
Они последовательно идут к тому, чтобы в США восстановить страничку про health information, только теперь каждый тест на каждое заболевание будет сертифицирован FDA и это будет железно гарантировать корректность результатов.
Ну а в других странах у них это доступно и так. В других странах живут более рискованные парни нежели в США :-)
Но я тоже могу ссылку на бис кинуть: blog.23andme.com/news/time-to-thank-our-friends
Там написано, что у них не Human Hap550 а таки Human Hap550+. Предлагаю прочесть спеки: investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-newsArticle&ID=881591
Итак, где и когда у 23andme было гораздно или просто меньше SNP чем у вас? И на каком основании вы это решили?
У них по крайней мере с 2008 года всегда было больше.
Поэтому разрешение FDA на 1 тест 23andme значит много больше чем эта лицензия на весь спектр услуг. Вот и всё.
И вот этих:
Исходя из них можно сделать вывод, что число SNP у 23andme скорее ближе к i-gene нежели к вам, не так ли?
Ну и предоставьте источники откуда вы взяли, что у 23andme их гораздо меньше. Я один из своих источников предоставил.
Если интересно — это гомеопатический центр www.gomeomed.ru
Таким образом, у нас чтобы получить мед. лицензию на генетическое исследовани можно быть вполне себе гомеопатическим центром. Нужно лишь знать правильные выходы-выходы :-)
Получают мед. лицензию сразу оптом — на все возможные виды исследований и услуг. Оптом, видимо, дешевле :-)
Поэтому я и говорю — наличие мед. лицензии РФ ни о чем не говорит, кроме о том, что у компании всё на мази в плане общения с гос. органами. Но к качеству медицинских услуг это имеет, мягко говоря, опосредованное отношение.
Вот FDA — более серьезная организация и процедуры там более реальные (хотя и там имеются свои нюансы). Сертифицирование FDA + соответствие HIPAA дает много больше уверенности в том, что данный вид теста, данный прибор и услуга не является фигней сравнимой с услугами гомеопатов и целителей. И дает уверенность в том, что твоя protected health information не утечет в неизвестном направлении.
Я именно эту лицензию и имел ввиду. Гомеопатам конечно ни к чему иметь в этом перечне генетику, но вот диагностику и лечение они там имеют. Ровно та же самая форма лицензии. Например ЛО-77-01-000180
И-и? Все равно же 600 000 определяли:
Ссылка: blog.23andme.com/news/time-to-thank-our-friends
2008 год.
Итак, откуда же вы взяли, что у них было меньше чем у вас? Причем «как и I-gene», то есть вы оценивали 23andme в 6000 SNP (если это не так, назовите конкретную обоснованную цифру в которую вы оценивали старую версию 23andme), то есть на два порядка меньше. Откуда такие сравнения взялись?
Кстати, а вы каким чипом пользуетесь?
Ну, то есть другими словами потому, что:
Это было бы здорово. Ибо сейчас, судя по демо-страничке, детализация хуже чем у 23andme.
Эмм… Вы действительно не знаете как получить список тестируемых SNP 23andme, или притворяетесь? Вы настолько не знаете конкурента с которым сравниваете себя в статье?
Конечно вам бы не хотелось :-)
А чьи слова вообще достоверно описывают действительность? ;-) В науке мы знаем лишь когда мы ошибаемся, но мы никогда не можем быть уверены в том, что наша теория верна.
То что я сказал в двух постах — две стороны одной медали. Медицинские данные которые высвечивались в личном кабинете не были подтверждены, поэтому они не получили FDA, поэтому им запретили публиковать медицинские данные пациентов:
И, кстати, у них процесс идет вперед. Они получили разрешение на детектирование синдрома Блума в 2015 году.
А как у вас? Лицензия которая вами получена… Ну это совсем не FDA. Я сейчас посмотрел — у нас гомеопатические центры тоже лицензии подобные имеют. То есть это (российская лицензия) не показатель качества, это скорее небольшая гарантия того, что тебя там не убьют быстро.
К вам это также относится. Хотелось бы получить от вас например ссылку, подтверждающую что например 23andme ранее имела менее 600 тысяч SNP в анализе. И вообще, на чем вы основывались, когда писали про то, что у 23andme много меньше SNP чем у вас, и что детализация хуже.
Кстати, также хочется от вас какого-то обоснованного подтверждения того, что:
И что именно поэтому им запретили в США публиковать эти данные.
А можно получить список снипов Атласа? Те семые 550 000. Чтобы любой человек мог сравнить этот набор тестируемых снипов с набором снипов 23andme (набор снипов 23andme публично известен).
Кроме всего прочего, это позволит точно выяснить насколько наборы SNP пересекаются у атласа и у 23andme. Может там 99% пересечение, а может и 20%. Это таки две большие разницы.
А то ведь после предыдущего вашего ляпа про то, что у 23andme хреновый чип настолько же насколько и у i-gene (вы ошиблись примерно в 100 раз), а у вас чип много-много лучше и набор SNP шире (а на самом деле уже), на слово верить уже как-то не хочется.
Вопросы происхождения и прочего анализа геномов имеют несколько измерений. Например:
1) Где преимущественно жили ваши предки лет 600-700 назад (до великих географических открытий и массовых перемещений).
2) Откуда произошла ваша гаплогруппа (гаплогруппы). Это обычно десятки тысяч лет уже. При этом сам человек может уже не иметь ничего общего (кроме гаплогруппы) с этим предком который был тысяч 45 лет назад.
3) Где (в каких странах) сейчас живут люди с похожим на тебя генотипом, и где твои родственники разной степени отдаленности (затем с ними можно связаться и попробовать построить общее генеалогическое древо, таким образом выяснив более подробно свою родословную).
4) Частотное распределение фамилий у твоих отдаленных родственников.
Так вот, для ответа на вопрос номер (3) и (4) нужна большая пользовательская база. Для (1) и (2) нужны иные исследования. 23andme занимается в основном (3) и (4), по пунктам (1) и (2), насколько я понимаю, сотрудничает с крупнейшими университетами США.
И это только то, что касается генеалогии, у них еще ряд направлений имеется.
PS. А вы сами то проводите экспедиции в поля? Где про это прочитать можно? Научные публикации имеются?
Возвращаясь к нашим баранам — коль у 23andme таки SNP не меньше чем у вас, следовательно таки имеется техническая возможность использовать SNP полученные через 23andme в вашем анализе?
Не думаете о введении такого сервиса?
PS. Насколько я понимаю, за счет большой пользовательской базы у 23andme таки будет всегда бОльшая точность детализированность в плане этносов и нахождения родственников (по миру) чем у вас. А у i-gene большая детальность по exUSSR и восточной европе, чем у вас и 23andme.
Да и ставить 23andme с i-gene по числу SNP никак нельзя. У i-gene всего порядка 6000 SNP.
Но, при всем при этом у i-gene детализация и статистика по национальностям народностей живущих и живших на территории восточной европы и России намного ЛУЧШЕ, чем у 23andme.
Насколько я вижу по вашему демо на сайте, у вас детализация в плане происхождения как минимум не лучше чем у 23andme, точнее даже хуже. И точно ни в какое сравнение со статистикой выдаваемой i-gene не идет.
Никто не мешает заказать тест 23andme не в лаборатории США, а в канадской лаборатории, где будет вам и все о здоровье и о диете, и о детях: www.23andme.com/en-ca
PS. Кстати, в статье следовало уточнить, почему именно в США 23andme запретили таковые данные в личном кабинете высвечивать. Краткий ответ — потому, что достоверность этих данных не подтверждена и может ввести человека в заблуждение.
А сколько полиморфизмов на чипе Атласовского теста? (1 полиморфизм это ведь 1 SNP?)