Какие «хлебные крошки» нужны интернет-магазинам (68% сайтов допускают ошибки)?

Думаю, что при правильной структуризации категорий товаров и самих товаров отношения «многие ко многим» можно избежать. И такая структуризация будет правильной с точки зрения SEO. Один товар доступен по одному url.
А если речь о категориях вроде «promo», то правильным будет вывод в рекламном блоке ссылок на товары в своих «родных» категориях.

Еще один шаг к идеальным закладкам

Будет правильным, если при выборе опций (цвет фона, фиксированная или нет ширина и т.д.) модальное окошко не будет постоянно закрываться после каждого клика. Когда хочешь сменить несколько опций приходиться каждый раз открывать.

P.S. Вы создали отличный сервис.