В первую очередь хочу сказать спасибо за комментарии. Думаю данная тема будет еще для многих актуальна, так как периодически получаю от пользователей хабры сообщения в скайп, помочь в создании «модуля» мультиязычности.

Данный пост полностью переписан, так как на данный момент использую совершенно другой подход к разработки мультиязычности для CodeIgniter 3. Также пост максимально короткий с примером и кратким описанием.

Решение проблемы

В общем, со временем и более детальным изучением данного фреймворка, пришел к выводу — мультиязычность нужно делать в роутере.