Разработка белков в облаке с помощью Python и Transcriptic или Как создать любой белок за $360

[zogxray]

Очень круто и интересно, хотя и не все понятно) Спасибо за статью.

[Kroid]

Это очень круто! Чувствую, пора изучать биологию — лет через 5 — 10 это будет новым мейнстримом :)

[himegood]

Спасибо за статью. Считаю данное направление крайне важным. Так как геном человека, это набор информации. И с помощью данного метода, возможно крайне дещего проводить исследование in vitro. И получать соответственно результаты.
P.S. Сам учу данное направление. Сплетение медицины и и программы. Будоражит ум только от одной мысли, что может человек \ машина. :)

[EobardThawne]

Как думаете, через сколько лет генная инженерия дойдет до того, что к примеру себе можно будет внедрять днк млекопитающего в глаз, для улучшения зрения? Думаю раньше 500-ста лет такого не будет, а что вы думаете?

[Nimtar]

https://m.habr.com/en/post/442468/

[Meklon]

Блин, это потрясающе. Просто восторг. Другое дело, что когда в России тот же аспирант получает 250-500$ в месяц, то экономический смысл здесь сильно теряется. Хотя с точки зрения воспроизводимости очень круто.
Кстати, поясните конструкцию, пожалуйста:

fill = "#444" if not well.startswith("D") else "#aaa"

Это не должно выглядеть так?

if not well.startswith("D"):
    fill = "#444" 
else:
    fill = "#aaa"

[slovak]

Оба варианта работоспособны.
Первый вариант это вроде тернарный оператор.

[Meklon]

Есть где посмотреть описание такого синтаксиса? Непривычно выглядит. Получается «Результат — условие — альтернативный результат».

[Meklon]

Почитал. Честно говоря, мне кажется, что это ухудшает читаемость и увеличивает риск ошибок, хотя и компактнее.

[Kroid]

Дело привычки. По мне, так довольно удобно.

В питоне ещё работа со списками в таком же стиле реализована:

result = [i / 2 for i in list if i > 10]

[idisin]

Первая конструкция — просто синтаксический сахар для второй, более удобная форма записи

[slovak]

Подскажте, кто знает, как плазмида с ДНК внедряется в тело бактерии? В разделе «Трансформация» это умалчивается.

[Meklon]

Насколько я помню, они обычно заключаются в сферы из фосфолипидов. При контакте сфера сливается с клеточной мембраной и содержимое попадает внутрь.

[DaneSoul]

Делают клеточную стенку бактерии более проницаемой, основных подхода два:
1) Химическая трансформация — подрастить культуру до молодого и бодрого состояния, контролируя оптическую плотность, обработать растворами с хлоридом кальция и хранить в глицерине при −70 °С, оберегая от стрессов. Зато после добавления лигазной смеси компетентным клеткам устраивают отменный тепловой шок, чтобы сделать клеточную стенку проницаемой;
2) электротрансформацией (электропорацией). Это эффективный способ введения даже довольно крупных НК. Прибор под названием электропоратор генерирует миллисекундные электрические импульсы, пробивающие в стенке клеток временные поры.
Ссылка на источник

[agarus]

Раздел «Зачем всё это» прекрасен (и вспоминаеться «Эдем» Гаррисона)
Не хватает только раздела «Литература» или «что еще почитать по теме».
Труд переводчика тут, конечно, титанический — спасибо.

[vassabi]

кроме затрат денег нехватает еще расчета затрат времени (т.е. сколько заняла какая операция)

[NikolayZolotarev]

Очень интересно, что подход программиста и молекурярного биолога очень сильно отличаются. И еще лучше, что постепенно подобные вещи становятся доступными для широкого круга людей. Я уже жду того момента, когда к биологическим протоколам применят машинное обучение, но бюсь, что это произойдет еще не скоро.

Я все же не разделяю столь большого оптимизма автора.
Самая главная проблема еще в названии статьи. Мы еще далеко не любой белок можем легко наработать. Не все белки могут быть синтезированы бактериями, не все могут быть легко выделены. На подбор условий в особо сложных случаях могут уходить годы. С GFP все работает хорошо, потому что это простой стабильный белок. С более сложными белками могут быть проблемы, и пока нет однозначного способа их решения.

[tru_pablo]

Коль, напиши какой-нибудь такой пост, только без программирования?

[Stas911]

Вообще не знал о существовании роболабораторий, очень интересно!