Расскажите подробнее, интересно!
Откуда фотография? Где работали? Нравилось ли вам в той стране, откуда фотография? Как было с общением? Что делали по работе? Как много работали? Много получали? Почему в офис вернуться решили?
Попробуйте такую фразу самому сказать так, как говорят носители. Станет больше понятно, почему они так говорят и распознавание улучшиться. В общем, говорить тоже нужно, даже когда вы хотите просто понимать.
Способов много, они все разные. Самому пришлось гуглить )
Вещество А от света частоты Fa активируется и может передать энергию активации веществу Б, которое в свою очередь испустит свет частоты Fb.
Это если они находятся близко, если они прицепились соседями при сборке цепочки ДНК.
А если они плавают в растворе, то вещество А не передает энергию веществу Б, соответственно мы светим в раствор с частотой Fa, и не видим в ответ света с частотой Fb, а если полимераза их прицепила соседями, то свет частотой Fb видим.
Почему не происходит без праймера — это надо спросить природу.
Кстати, википедия подсказывает, что любое удвоение ДНК всегда происходит с праймером, что это не какой-то такой особый экзотический механизм из экзотической бактерии, а удвоение так происходит всегда.
К концу уже существующей цепочки. step-by-step по одной букве.
Тоже с помощью специальных белков, которых изначально выделили из живого организма.
Способов множество.
Сначала открыли эндонуклеазы рестрикции, к примеру эндонуклеаза EcoRI режет всегда так
В последнее время все носятся с CRISPR / CAS9, там можно резать по любой желаемой для исследователя последовательности. Но изготовить реагенты стоит денег не малых.
На самом деле и до CRISPR / CAS9 была масса способов резать ДНК, цинковые ножницы например, и далее появляются новые способы разрезать ДНК. Они различаются точностью, ценой, получаемым результатом.
Так что ответ на вопрос «Как технически происходит «резка» ДНК в нужном месте?», будет вопрос «Вам какой из способов описать?»
Праймеры это не то чтобы хэш.
Это максимально короткая последовательность ДНК которая присутствует в патогене, но которой нет в человеческой ДНК.
Что значит посчитать количество праймеров?
Было 1000 праймеров и 10 патогенных ДНК, после гибридизации стало 990 праймеров плавать в растворе (10 присоединилось к патогенному ДНК), таким образом можно сделать вывод по числу 990, что патогенных ДНК было изначально 10. Так что ли?
Как посчитать количество праймеров? Их не посчитаешь.
Да, поиск заточен на какую-то определенную последовательность ДНК. Нельзя «просто искать». Например, можно искать ДНК код, который есть в ДНК стафилококка, но нет в человеческом ДНК.
Общий принцип простыми словами объяснить можно, но коротко не получится.
Заранее извиняюсь, за фактические ошибки, мог забыть какие-то детали, пытался описать суть.
ПЦР — это просто реакция копирования ДНК, это конечно, хорошо, но хочется гораздо большего, поэтому существует over 9000 методов, построенных на базе ПЦР.
Например, определение количества патогена это реакция «ПЦР в реальном времени», и даже разновидностей «ПЦР в реальном времени» over 9000 с разными реагентами и т.п.
Для проведения определенной реакции не надо знать всего-всего про ПЦР, лаборанты действуют по четкому алгоритму соответствующему конкретному методу, знают, что надо сделать 1-2-3, и получится результат, причем большую часть делает аппаратура и ПО.
Для начала надо понять, что такое ДНК.
Есть 4 вещества: аденин (А), тимин (Т), гуанин (Г) и цитозин (Ц). Можно каждому сопоставить цифру, например. А потом, соединив последовательно в порядке, каком мы захотим закодировать что-то. Например: «АТТГЦЦТА».
Но ДНК состоит из двух цепочек, которые, как говорят «комплиментарны». Это значит, что на второй цепочке всегда напротив аденина — тимин, напротив гуанина — цитозин. Т.е вторая цепочка всегда однозначно соответствует другой цепочке.
При нагревании спираль ДНК разъединияется на две цепочки, при охлажении — конденсируется, т.е две цепочки обратно соединяются.
Как я уже говорил, ПЦР — это реация копирования ДНК, но чтобы скопироваться, нужна «затравка». Покажу на примере.
Есть ДНК
АЦЦТГАТЦГА
ТГГАЦТАГЦТ
при нагревании до 94-96 градусов (фаза денатурации) она, разъединяется, первая цепочка
АЦЦТГАТЦГА
Но её скопировать нельзя, т.к нужна затравка, затравка это несколько уже готовых элементов второй цепи:
АЦЦТГАТЦГА
ТГГА
вот такую скопировать можно.
Где взять затравку? Обычно затравка это известная последовательность, которая присутствует в каком-то патогене и только в нем. Эту затравку называют «праймер».
Откуда берут эту последовательность? Лаборатории их покупают у специальных компаний, которые их изготавливают. А изготавливают их химически, за каждую «буковку» по «рублю», поэтому последовательность длинной 10 символов синтезировать можно, и не очень дорого, а целиком ДНК, например, человеческий очень дорого, да и на самом деле чем длинней цепочка, тем хуже идет химический синтез, т.к раствор «замусоревается». Есть способы обхода, но это отдельный разговор.
Праймер этот при понижении температуры до 68 градусов сам найдет нужный участок цепочки ДНК и присоединится.
Теперь про синтез.
Синтез происходит с помощью специальной биологической молекулы, которая называется taq-полимераза, которую изначально выделили из специального вида бактерии.
Эта бактерия выхватывает А, Т, Ц, Г из раствора и присоединяет по одной букве, при примерно 72 градусах.
Где берут лаборатории эту полимеразу? Тоже, покупают. Промышленное производство taq-полимеразы — отдельный, сложный вопрос. И занимаются этим специальные компании. Можно её выделять из бактерии и очищать. Можно производить её с помощью генной инженерии, т.е научить другую бактерию прозводить её и.т.п. Как точно сейчас это делают — не вкурсе. Кстати, производителей, тоже, много и видов полимеразы, тоже много, есть более точные, есть менее точные, отличаются множество других характеристик.
Вот в этом и заключается ПЦР.
Заметьте, ничего о считывании и о свечении я не писал. Потому что в базовой реакции ПЦР ничего не светится.
Но гораздо полезнее, например, если можно будет посчитать количество патогена. Для этого в раствор добавляют специальный реагент, и при присоединении какой-то определенной буквы этот реагент будет светиться. И чем больше было ДНК изначально, тем больше будет его и в конце, и тем больше света мы увидим.
— Вопросы:
1. Например циклы нагрева охлаждения.
Этап 1: 92-95 градусов: денатурация: разделение спирали днк на две цепочки
Этап 2: 68 градусов: отжиг: присоединение праймеров к цепочкам
Этап 3: 72 градуса: копирование ДНК с помощью taq-полимеразы
Затем все повторяется несколько раз.
Устройство, в котором проводят реакцию называется «амплификатор, оно достаточно простое, и не дорогое по сравнение с другим оборудованием для биотехнологий, фактически это термостат, который управляются с компьютера со встроеным светодиодом. Если не ошибаюсь, можно купить тысяч за 100 рублей.
2. Из чего состоят реактивы? Как их синтезируют.
А, Т, Ц, Г, taq-полимераза, праймер. Лаборатории их покупают у спец. фирм.
Что считывает светодиод (детектор), почему и как светиться препарат.
Считывает количество света. Светится, т.к в растворе плавает спец. реагент.
3. Почему при ПЦР искомая ДНК вируса множиться, а человеческая (из слюны или крови — нет)?
Потому что „праймер“ соответствует вирусной цепочке, а а в человеческой цепочке такого кода нет, праймер специально так подбирают, чтобы в вирусной ДНК такой код был, а в человеческой — нет.
Использую TabsOutliner, для меня идеально, лучше не придумаешь.
Помимо «закрытия», большой плюс, что вкладки в виде «дерева», т.е многоуровневая иерархия по-умолчанию на основе что откуда открыто.
Здравствуйте!
Время от времени у меня возникала мысль, а не пойти ли мне преподавать по совместительству.
Но я всегда думал, что человеку, который не учился в аспирантуре и не получил ученую степень, это невозможно.
Получается, это не так? Я выпускался как «специалист», а опыт работы в индустрии разработки ПО, уже приближается к 10 лет.
Может ли такой человек преподавать?
У меня как-то закончилось место на телефоне, я стал его пытаться освободить,
стал смотреть, может данные приложений много место занимают, вроде все данные поудалял, но все равно места нет, а приложения, казалось бы, весят 5-60Мб, места — 6 гб было на чистой системе. Куда делось все место?
После рутования выяснилось вот что:
Очень много места съедается на dalvik кэш (сейчас уже art), т.е ставишь приложение в 20Мб, а съедается 200Мб. И главное нигде это в файловом менеджере не увидишь, если у вас нет рута, да и если есть надо еще догадаться, куда заглянуть…
apk — это архив, при установке он распаковывается, а потом еще и компилируется.
А мне понятно все. Но я интересуюсь темой (хоть и не биолог). Большое спасибо за статью! Я что-то нашел новое (несмотря на то, что я в теме всего этого).
Я помню воспоминание, как я лежал завернутый, и меня принесли в поликлинику.
Слова про речь отчасти верны.
Наша память и восприятие ассоциативно-иерархическое, вот стул, у него есть четыре палочки — ножки, спинка и т.п. ножки, спинка, палочки — все это понятия. у новорожденного ребенка нет таких понятий. выстраивание иерархии происходит постепенно, от более общего, к более частому, при рождении сначала ребенок вообще не умеет разделять то, что он видит на предметы, потом начинает разделять на «мамина сиська», родные люди и все остальное, потом он понимает что стул-это стул, и потом начинает осознавать, что стул тоже состоит из деталей. И естественно, умение разделять окружающее пространство на абстрактные детали связано с речью. Когда окружающее пространство плохо разделено на объекты, то и никакой речи не может быть впринципе. А извлекаем из памяти мы воспоминания мы как раз через «понятия», у врозлого и новорожденного понятийный аппарат слишком сильно различается, поэтому и воспоминания извлекать сложно.
Я так это себе представляю.
Как много ручной работы…
Плохо, к сожалению все видно.
Сырье для колб — стеклянный «песок»?
Не видно, а как трубочки получаются — нагрев стекломассы и последующая экструзия?
Трубочки сами «запаиваются», достаточно лишь нагреть их в конце?
Как из трубочки колбы получается, просто надувается как шарик? А как обеспечивается герметичность на входе воздуха? И как в аппарат для надувания колб попадают трубочки? Стеклянные трубочки надеваются вручную на металичекие трубки по которым идет воздух для надува?
Заметил, что в аппарате для накачке гелия нагревается конец «трубочки». Зачем это? Чтобы стеклянная трубочка прилипла к железной, по которой поступает гелий? Она что, от нагревания сама «прилипает»?
Не ужели при таком количестве ручного труда мало брака?
Эльбрус, насколько я помню, обычной архитектуры.
Мне больше МультиКлет вспоминается.
Мне вот интересно становится не лучше ли подойдут для нейронный сетей в перспективе мультиклеточные процессоры, да ПЛИСы, чем, как сейчас GPU.
Откуда фотография? Где работали? Нравилось ли вам в той стране, откуда фотография? Как было с общением? Что делали по работе? Как много работали? Много получали? Почему в офис вернуться решили?
Вещество А от света частоты Fa активируется и может передать энергию активации веществу Б, которое в свою очередь испустит свет частоты Fb.
Это если они находятся близко, если они прицепились соседями при сборке цепочки ДНК.
А если они плавают в растворе, то вещество А не передает энергию веществу Б, соответственно мы светим в раствор с частотой Fa, и не видим в ответ света с частотой Fb, а если полимераза их прицепила соседями, то свет частотой Fb видим.
Кстати, википедия подсказывает, что любое удвоение ДНК всегда происходит с праймером, что это не какой-то такой особый экзотический механизм из экзотической бактерии, а удвоение так происходит всегда.
К концу уже существующей цепочки. step-by-step по одной букве.
Способов множество.
Сначала открыли эндонуклеазы рестрикции, к примеру эндонуклеаза EcoRI режет всегда так
В последнее время все носятся с CRISPR / CAS9, там можно резать по любой желаемой для исследователя последовательности. Но изготовить реагенты стоит денег не малых.
На самом деле и до CRISPR / CAS9 была масса способов резать ДНК, цинковые ножницы например, и далее появляются новые способы разрезать ДНК. Они различаются точностью, ценой, получаемым результатом.
Так что ответ на вопрос «Как технически происходит «резка» ДНК в нужном месте?», будет вопрос «Вам какой из способов описать?»
Это максимально короткая последовательность ДНК которая присутствует в патогене, но которой нет в человеческой ДНК.
Что значит посчитать количество праймеров?
Было 1000 праймеров и 10 патогенных ДНК, после гибридизации стало 990 праймеров плавать в растворе (10 присоединилось к патогенному ДНК), таким образом можно сделать вывод по числу 990, что патогенных ДНК было изначально 10. Так что ли?
Как посчитать количество праймеров? Их не посчитаешь.
Заранее извиняюсь, за фактические ошибки, мог забыть какие-то детали, пытался описать суть.
ПЦР — это просто реакция копирования ДНК, это конечно, хорошо, но хочется гораздо большего, поэтому существует over 9000 методов, построенных на базе ПЦР.
Например, определение количества патогена это реакция «ПЦР в реальном времени», и даже разновидностей «ПЦР в реальном времени» over 9000 с разными реагентами и т.п.
Для проведения определенной реакции не надо знать всего-всего про ПЦР, лаборанты действуют по четкому алгоритму соответствующему конкретному методу, знают, что надо сделать 1-2-3, и получится результат, причем большую часть делает аппаратура и ПО.
Для начала надо понять, что такое ДНК.
Есть 4 вещества: аденин (А), тимин (Т), гуанин (Г) и цитозин (Ц). Можно каждому сопоставить цифру, например. А потом, соединив последовательно в порядке, каком мы захотим закодировать что-то. Например: «АТТГЦЦТА».
Но ДНК состоит из двух цепочек, которые, как говорят «комплиментарны». Это значит, что на второй цепочке всегда напротив аденина — тимин, напротив гуанина — цитозин. Т.е вторая цепочка всегда однозначно соответствует другой цепочке.
При нагревании спираль ДНК разъединияется на две цепочки, при охлажении — конденсируется, т.е две цепочки обратно соединяются.
Как я уже говорил, ПЦР — это реация копирования ДНК, но чтобы скопироваться, нужна «затравка». Покажу на примере.
Есть ДНК
АЦЦТГАТЦГА
ТГГАЦТАГЦТ
при нагревании до 94-96 градусов (фаза денатурации) она, разъединяется, первая цепочка
АЦЦТГАТЦГА
Но её скопировать нельзя, т.к нужна затравка, затравка это несколько уже готовых элементов второй цепи:
АЦЦТГАТЦГА
ТГГА
вот такую скопировать можно.
Где взять затравку? Обычно затравка это известная последовательность, которая присутствует в каком-то патогене и только в нем. Эту затравку называют «праймер».
Откуда берут эту последовательность? Лаборатории их покупают у специальных компаний, которые их изготавливают. А изготавливают их химически, за каждую «буковку» по «рублю», поэтому последовательность длинной 10 символов синтезировать можно, и не очень дорого, а целиком ДНК, например, человеческий очень дорого, да и на самом деле чем длинней цепочка, тем хуже идет химический синтез, т.к раствор «замусоревается». Есть способы обхода, но это отдельный разговор.
Праймер этот при понижении температуры до 68 градусов сам найдет нужный участок цепочки ДНК и присоединится.
Теперь про синтез.
Синтез происходит с помощью специальной биологической молекулы, которая называется taq-полимераза, которую изначально выделили из специального вида бактерии.
Эта бактерия выхватывает А, Т, Ц, Г из раствора и присоединяет по одной букве, при примерно 72 градусах.
Где берут лаборатории эту полимеразу? Тоже, покупают. Промышленное производство taq-полимеразы — отдельный, сложный вопрос. И занимаются этим специальные компании. Можно её выделять из бактерии и очищать. Можно производить её с помощью генной инженерии, т.е научить другую бактерию прозводить её и.т.п. Как точно сейчас это делают — не вкурсе. Кстати, производителей, тоже, много и видов полимеразы, тоже много, есть более точные, есть менее точные, отличаются множество других характеристик.
Вот в этом и заключается ПЦР.
Заметьте, ничего о считывании и о свечении я не писал. Потому что в базовой реакции ПЦР ничего не светится.
Но гораздо полезнее, например, если можно будет посчитать количество патогена. Для этого в раствор добавляют специальный реагент, и при присоединении какой-то определенной буквы этот реагент будет светиться. И чем больше было ДНК изначально, тем больше будет его и в конце, и тем больше света мы увидим.
— Вопросы:
1. Например циклы нагрева охлаждения.
Этап 1: 92-95 градусов: денатурация: разделение спирали днк на две цепочки
Этап 2: 68 градусов: отжиг: присоединение праймеров к цепочкам
Этап 3: 72 градуса: копирование ДНК с помощью taq-полимеразы
Затем все повторяется несколько раз.
Устройство, в котором проводят реакцию называется «амплификатор, оно достаточно простое, и не дорогое по сравнение с другим оборудованием для биотехнологий, фактически это термостат, который управляются с компьютера со встроеным светодиодом. Если не ошибаюсь, можно купить тысяч за 100 рублей.
2. Из чего состоят реактивы? Как их синтезируют.
А, Т, Ц, Г, taq-полимераза, праймер. Лаборатории их покупают у спец. фирм.
Что считывает светодиод (детектор), почему и как светиться препарат.
Считывает количество света. Светится, т.к в растворе плавает спец. реагент.
3. Почему при ПЦР искомая ДНК вируса множиться, а человеческая (из слюны или крови — нет)?
Потому что „праймер“ соответствует вирусной цепочке, а а в человеческой цепочке такого кода нет, праймер специально так подбирают, чтобы в вирусной ДНК такой код был, а в человеческой — нет.
Помимо «закрытия», большой плюс, что вкладки в виде «дерева», т.е многоуровневая иерархия по-умолчанию на основе что откуда открыто.
Я один раз так попал, пришлось на первый этаж ехать.
Время от времени у меня возникала мысль, а не пойти ли мне преподавать по совместительству.
Но я всегда думал, что человеку, который не учился в аспирантуре и не получил ученую степень, это невозможно.
Получается, это не так? Я выпускался как «специалист», а опыт работы в индустрии разработки ПО, уже приближается к 10 лет.
Может ли такой человек преподавать?
А объявления откуда берете?
Самое интересное — архив цен. Хочется реальные цены знать.
стал смотреть, может данные приложений много место занимают, вроде все данные поудалял, но все равно места нет, а приложения, казалось бы, весят 5-60Мб, места — 6 гб было на чистой системе. Куда делось все место?
После рутования выяснилось вот что:
Очень много места съедается на dalvik кэш (сейчас уже art), т.е ставишь приложение в 20Мб, а съедается 200Мб. И главное нигде это в файловом менеджере не увидишь, если у вас нет рута, да и если есть надо еще догадаться, куда заглянуть…
apk — это архив, при установке он распаковывается, а потом еще и компилируется.
Депутаты голосуют все как один.
За блокировки голосовали 98% депутатов.
Слова про речь отчасти верны.
Наша память и восприятие ассоциативно-иерархическое, вот стул, у него есть четыре палочки — ножки, спинка и т.п. ножки, спинка, палочки — все это понятия. у новорожденного ребенка нет таких понятий. выстраивание иерархии происходит постепенно, от более общего, к более частому, при рождении сначала ребенок вообще не умеет разделять то, что он видит на предметы, потом начинает разделять на «мамина сиська», родные люди и все остальное, потом он понимает что стул-это стул, и потом начинает осознавать, что стул тоже состоит из деталей. И естественно, умение разделять окружающее пространство на абстрактные детали связано с речью. Когда окружающее пространство плохо разделено на объекты, то и никакой речи не может быть впринципе. А извлекаем из памяти мы воспоминания мы как раз через «понятия», у врозлого и новорожденного понятийный аппарат слишком сильно различается, поэтому и воспоминания извлекать сложно.
Я так это себе представляю.
Плохо, к сожалению все видно.
Сырье для колб — стеклянный «песок»?
Не видно, а как трубочки получаются — нагрев стекломассы и последующая экструзия?
Трубочки сами «запаиваются», достаточно лишь нагреть их в конце?
Как из трубочки колбы получается, просто надувается как шарик? А как обеспечивается герметичность на входе воздуха? И как в аппарат для надувания колб попадают трубочки? Стеклянные трубочки надеваются вручную на металичекие трубки по которым идет воздух для надува?
Заметил, что в аппарате для накачке гелия нагревается конец «трубочки». Зачем это? Чтобы стеклянная трубочка прилипла к железной, по которой поступает гелий? Она что, от нагревания сама «прилипает»?
Не ужели при таком количестве ручного труда мало брака?
Интересно, почему канальные кондиционеры стоят так дорого?..
Мне больше МультиКлет вспоминается.
Мне вот интересно становится не лучше ли подойдут для нейронный сетей в перспективе мультиклеточные процессоры, да ПЛИСы, чем, как сейчас GPU.