Щас активно продвигается upstart в убунту и редхате. Инициализационные скрипты в /etc/init/*.conf (не путать с /etc/init.d/). И инициализацию демонов, например, mysql следует искать именно из upstart.
Альтернативный вариант — использовать supervisord. Просто настраивать. Статус процесов можно смотреть не только из консоли а и через простенький web интерфейс. Кроме того программы, которые будут работать под supervisord не нужно писать особым образом: вывод из stdout и stderr может перенапрявляться в лог файлы. В общем просто и приятно.
p.s. Кроме того сейчас посматриваем в сторону upstart. Там тоже все достаточно приятно. Намного больше возможностей, лучше интеграция с стандартным софтом, меньше двигающихся частей. Единственное что расстраивает, что upstart сейчас активно поддерживаеться только ubuntu server-ом. Такой себе минорный lock-in.
Власть над демонами или автозапуск в Linux