У веб интерфейса еще есть проблема с удалением сгруппированных писем — больше 5-6 тысяч не удаляет. Решается через обращение в поддержку — другого способа не нашел.
До такого размера ящика пока не дошел — вот сортирую по папкам. :-)
Там скорее другое раздражает — сброс выделения при ручном выделении десятка — другого писем.
А можете описать проблему подробнее? Какой интерфейс Вы используете: трёхпанельный или тот, где письма открываются на отдельной странице? Можете прислать свой юзерагент? В какой именно момент снимается выделение с писем, происходит в этот момент что-то ещё, какие-то другие действия?
Веб интерфейс у яндекс почты — вообще очень интересная штука. Недавно производили перенос почты на домен в яндекс: намучались с формой переноса (куда надо вставлять список «логин пароль») (скрипт видел только несколько первых ящиков из всех добавленных). Решилось только использованием API.
Перемещение папок в почте Яндекса