Prototype - самая красиво написанная бибилиотека. Однако, jQuery - тоже класс. Но тут дело вкуса!
Мы вот используем MooTools - вот уж где легковесность с мощным функционалом (взято лучшее из Prototype и других библиотек и улучшено еще).
> Для меня загадка, почему в Rails включили именно его.
> jQuery по синтаксису намного больше похож на Ruby и более легковесная библиотека.
Афтар жжот, матчасть не читал, истории не знает. Prototype не выбирали для ROR, его написали для ROR, а jQuery на тот момент еще не было даже в сыром виде. Так что высказывание необоснованное.
http://prototypejs.org/core
Sam created the Prototype JavaScript framework in February of 2005 as part of the foundation for Ajax support in Ruby on Rails.
http://docs.jquery.com/History_of_jQuery
August 22nd, 2005 John first hints of a JavaScript library to use CSS selectors with a more succinct syntax than existing libraries
Сам пользовался и тем и другим, перешел как раз с prototype на jquery.
Шпаргалки по jQuery