Pull to refresh

Comments 16

Это вводная статья к более глубокому материалу или просто своего рода обзор? А то про сами методы то Вы не много рассказали.
Это научно-популярный обзор для понимания того, а что это вообще такое. Предполагался минимум технических подробностей и максимально доступное изложение.

Но, в общем, если будет запрос, то я рад написать и более глубокие статьи. Ибо никаких русскоязычных (да и в английском интернете не густо) хороших материалов я про это не нашел, а статьи на хабре не раз помогали мне освоить алгоритмы.
Я просто занимаюсь по свой аспирантской работе проблемой геномных перестановок, эволюционных расстояний и т.д. Мы деревья используем, если дают, но не сильно на них полагаемся, так как нам важна только топология. А топология дерева может быть прикинута, например, путем анализа BreakpointGraph-а и схожих методов..
Так длинной ветвей, часто, и не интересуется никто из-за разных скоростей эволюции в разных линиях. Про эти графы я не слышал, но, как-то раз я у докинза прочитал, что в будущем можно будет реконструировать вымершие геномы, и меня это поразило. Правда, сам щанимаюсь не этим, а они, как я понял при беглом просмотре, именно этим и хороши. Завтра в метро, походу, не блоги любимые и ленту фейсбука читать буду.
Поясните, пожалуйста, что значит «80 мутаций на поколение» у человека?
Если прочитать ДНК родителей и ДНК ребенка, то окажется, что у ребенка будет порядка 80 изменений в генетичесом коде по отношению к родителям.
Выглядит достаточно пугающе, я думал что мутации происходят реже
Гены занимают около 1 процента всего генома, в самих генах многие мутации вообще никак не влияют ни на что. Из тех, что влияют, многие влияют слабо, а, в случае чего, у человека как минимум по две копии каждого гена. Кроме того, специально для таких случаев в генетической программе развития с помощью регуляторных систем обратной связи многие вредные муитации не проявляются, а, вообще, мутации могут быть и полезными. Можно спать спокойно.
Практической филогенетикой не занимаюсь, но из литературы мне казалось, что и обычные математические методы кластеризации (Neighbour Joining и UPGMA) дают приемлемые результаты по крайней мере в пределах малых таксонов, где различия в скорости эволюции ветвей пренебрежимо малы. У них действительно есть существенные недостатки перед описанными в статье (если я правильно понимаю) методами наибольшего правдоподобия и максимальной экономии, или они просто не упомянуты из-за краткости статьи?
В статье я хотел дать общее представление, не углубляясь в детали и не нагромождая разные методы, а maximal parsimony хоть и не является самым лучшим методом, зато его легко понять. С методами постройки деревьев, вообще, есть некоторая неопределенность, потому что разные тесты выводят вперед разные методы, хотя, у специалистов по филогенетике есть общее понятие, какие методы лучше, а какие хуже. Если говорить об упомянутых вами методах, то UPGMA это очень плохой метод, и его используют, только когда быстро нужно сделать первичный набросок. А NJ в филогенетике используют довольно много, но, обо всем рассказать в этой статье я не мог, да, и задачи такой не было.
На этой занятной карте среднего размера мозга человека его место происхождения видно более отчётливей:
image
Вопрос о месте происхождения, как я понимаю, разрешен еще в 19 веке. Ибо, в эфиопии находят ископаемые еще с 19 века. Еще дарвин писал, что, человек, вероятно, появился в африке, и не только потому, что там живут ближайшие его предки. Дело в том, что, везде на земле были свидетельства того, что недавно там жило много крупных животных, а теперь их там нет. В африке же до сих пор их достаточно много, что указывает на то, что на ней они лучше всего приспособились к человеку, а, значит, эволюционировали вместе с ним.

Но, в любом случае, это довольно занятная карта. Хотя, только глядя на нее, нельзя исключать, что в центральной африке есть народ, мозг которого резко уменьшился вторично.
Сейчас пишу диплом, целью которого является разделение большого выравнивания на небольшие кластеры, которые более пригодны для анализа, чем полное выравнивание. Выложу код в открытый доступ после защиты. Если интересно, можем поговорить на эту тему.
Интересно. Но, ведь, взаимное расположение этих кластеров тоже имеет значение, ибо, перестановки доменов тоже важны.
Не подумал об этом! Спасибо за идею.
Просто интересно, вы биолог или математик?
Sign up to leave a comment.

Articles