Microsoft признала баг в Outlook 2016 последней версии 16.0.6568.2025. Если программа получает письма по протоколу POP3 и в настройках указано «Удалять с сервера через Х дней», то письма удаляются с сервера немедленно.

С другой стороны, если эта опция отключена, то письма дублируются.



Microsoft пока думает над решением проблемы, а в качестве обходного маневра рекомендует откатиться на предыдущую версию. Для этого нужно отключить автоматические обновления в File->Office Account->Update Options, а затем запустить из командной строки команду

C:\Program Files\Common Files\Microsoft shared\ClickToRun\officec2rclient.exe" /update user updatetoversion=16.0.6366.2068

Другой вариант — использовать IMAP вместо POP3.