BeloborodovDS Jun 4 2018 at 20:20

Сборка Caffe в Google Colaboratory: бесплатная видеокарта в облаке

7 min

23K

Python*Machine learning*Cloud computing*Cloud services*

Google Colaboratory — это не так давно появившийся облачный сервис, направленный на упрощение исследований в области машинного и глубокого обучения. Используя Colaboratory, можно получить удаленный доступ к машине с подключенной видеокартой, причем совершенно бесплатно, что сильно упрощает жизнь, когда приходится обучать глубокие нейросети. Можно сказать, что она является некоторым аналогом гугл-документов для Jupyter Notebook.

В Colaboratory предустановлены Tensorflow и практически все необходимые для работы Python-библиотеки. Если какой-то пакет отсутствует, он с легкостью устанавливается на ходу через pip или apt-get. Но что если необходимо собрать проект из исходников и подключиться к GPU? Оказывается, это может быть не настолько просто, что я выяснил в ходе сборки SSD-Caffe. В этой публикации я дам краткое описание Colaboratory, опишу встреченные трудности и способы их решения, а также приведу несколько полезных приемов.

Весь код доступен в моем Colaboratory Notebook.

Коротко о Colaboratory

Грубо говоря, Colaboratory позволяет запускать Jupyter Notebook на удалённой машине. Файлы Colaboratory представляют собой обычные .ipynb «ноутбуки» и хранятся в Гугл-диске. Также есть набор функций, позволяющий загружать файлы с удаленной машины на Гугл-диск и обратно. Этими файлами можно так же делиться с другими, можно писать к ним комментарии, как в Гугл-документах.

В Colaboratory можно использовать GPU, а именно Tesla K80. Для этого нужно подключить ее в настройках: Runtime $\rightarrow$ Change runtime type $\rightarrow$ Hardware accelerator. Стоит заметить, что GPU не всегда доступны, и тогда Colaboratory предложит запустить машину без нее.

Похоже, что ничего, кроме самого Jupyter Notebook, запустить нельзя, но есть косвенный доступ к терминалу: для этого нужно добавить восклицательный знак перед командой терминала, например !mkdir images. Вообще можно считать, что мы имеем дело с совершенной обычной машиной, на которой установлена Ubuntu 17.10 (на момент написания публикации), но подключенной удаленно. Отсюда следует, что на ней можно делать вообще все, что можно делать через терминал (не в интерактивном режиме), в том числе:

клонировать репозитории с помощью git clone,
загружать данные с помощью wget (кстати, с Гугл-диска даже большие файлы грузятся почти мгновенно),
использовать make (и скорее всего cmake),
устанавливать инструменты и библиотеки с помощью apt-get и pip

Еще несколько замечаний по поводу Colaboratory:

Похоже, у пользователя есть неограниченный доступ ко всем файлам системы (любые команды нужно писать без sudo);
Состояние терминала не переносится между командами, даже если они в одной ячейке (например cd dir при необходимости придется писать в начале каждой команды);
Если надолго отключится от Colaboratory, все изменения на виртуальной машине будут стёрты, включая все установленные пакеты и скачанные файлы, поэтому рекомендуют установку пакетов включать в Jupyter Notebook;
Через 12 часов непрерывного использования машина автоматически отключается, но потом ее можно перезапустить (в теории, на практике GPU может быть недоступна).

Сборка SSD-Caffe

Я хотел попробовать Single Shot Detector (SSD), а именно его Caffe реализацию в Google Colaboratory, но для этого проект нужно было собрать из исходников.

Кстати, если вам подойдёт любая версия Caffe, есть способ намного проще (это даже работает, хотя запускать что-либо я не пробовал):

!apt install caffe-cuda

Сборка SSD-Caffe из исходников — это довольно длинный квест из нескольких шагов, пройти который можно только при помощи костылей.

Шаг 1: установка зависимостей

Здесь мы должны загрузить все зависимости для Caffe с помощью apt. Однако, прежде чем делать это, надо разрешить apt загружать исходный код зависимостей. В руководстве по установке Caffe сказано, что для этого необходима «deb-src строка в файле sources.list». К сожалению, подробностей там нет, поэтому я просто раскомментировал все deb-src строки в файле /etc/apt/sources.list:

with open('/etc/apt/sources.list') as f:
  txt = f.read()
with open('/etc/apt/sources.list', 'w') as f:
  f.write(txt.replace('# deb-src','deb-src'))

И это сработало. Осталось только загрузить зависимости:


!apt update
!apt build-dep caffe-cuda

Шаг 2: нужен другой компилятор

Здесь проблема заключается в следующем: g++-7, который по умолчанию является основным, почему-то несовместим с CUDA-компилятором nvcc, поэтому придется использовать что-то другое. Я скачал g++-5 и сделал его компилятором по умолчанию:


!apt install g++-5
!update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-5 20
!update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-5 20

Шаг 3: придётся собрать boost

Если попытаться собрать Caffe на этом этапе, проблемы возникнут при попытке подключить boost, поскольку он собран другим компилятором, так что его исходники придётся скачать и тоже собрать с помощью g++-5 (подробнее на сайте boost):


!wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.bz2
!tar --bzip2 -xf boost_1_67_0.tar.bz2
!cd boost_1_67_0 && ./bootstrap.sh --exec-prefix=/usr/local --with-libraries=system,filesystem,regex,thread,python --with-python-version=2.7 --with-python-root=/usr
!cd boost_1_67_0 && ./b2 install

Шаг 4: настройка Makefile

Клонируем Caffe с GitHub:


!git clone https://github.com/weiliu89/caffe.git && cd caffe && git checkout ssd

И меняем необходимые поля в Makefile.config — я изменил путь к CUDA, поменял опцию BLAS, поменял версию OpenCV на третью, добавил Python layer, а также добавил все пути к библиотекам, которые установлены, но почему-то не нашлись (всё это удобно сделать с помощью Python):

with open('caffe/Makefile.config.example') as f:
  config = f.read()
  
comment = ['CUDA_DIR := /usr/local/cuda', 
           'BLAS := open']
uncomment = ['# CUDA_DIR := /usr', 
             '# BLAS := atlas', 
             '# OPENCV_VERSION := 3', '# WITH_PYTHON_LAYER := 1'] #
replace = [('INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include',
            'INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/'), 
           ('LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib',
            'LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial')]

for c in uncomment:
  config = config.replace(c, c[2:])
for c in comment:
  config = config.replace(c, '# '+c)
for c1,c2 in replace:
  config = config.replace(c1, c2)
  
with open('caffe/Makefile.config', 'w') as f:
  f.write(config)

Также в самом Makefile пришлось заменить все теги -isystem на -I: оба отвечают за поиск заголовков, но обрабатываются немного по-разному, и без этой замены проблемы возникали уже при подключении stdlib (здесь подробнее):

with open('caffe/Makefile') as f:
  mfile = f.read()
with open('caffe/Makefile', 'w') as f:
  f.write(mfile.replace('-isystem','-I'))

Шаг 5: сборка

Остался последний костыль — подправить файл c++config.h, иначе возникают проблемы с nan-типами (подробнее):

with open('/usr/include/x86_64-linux-gnu/c++/5/bits/c++config.h') as f:
  txt = f.read()
with open('/usr/include/x86_64-linux-gnu/c++/5/bits/c++config.h', 'w') as f:
  f.write(txt.replace('/* #undef _GLIBCXX_USE_C99_MATH */',
                      '/* #undef _GLIBCXX_USE_C99_MATH */\n#define  _GLIBCXX_USE_C99_MATH  1'))

Теперь, собственно, можно собрать Caffe:


!cd caffe && make -j8 && make pycaffe && make test -j8 && make distribute
!echo /usr/local/lib >> /etc/ld.so.conf && ldconfig
!echo /content/caffe/distribute/lib >> /etc/ld.so.conf && ldconfig

Последние две строки добавляют пути библиотек, а именно boost и Caffe.

Теперь Caffe можно использовать (нужно только указать к ней путь в PYTHONPATH):

import sys
caffe_path = !cd caffe/python && pwd
sys.path.insert(0, caffe_path[0])  
import caffe

Чтобы проверить работоспособность, я протестировал проект Mobilenet-SSD: код также есть в моем Colaboratory Notebook.

В частности, я замерял время предсказания для одной картинки, и ускорение на GPU составило примерно 3.8.

Бонус: несколько полезных приёмов

По Google Colaboratory есть отличный туториал на Medium. Также в самой Colaboratory есть файлы с примерами почти всего, что может понадобиться.

Монтировать Гугл-диск в файловую систему виртуальной машины:


!apt-get install -y -qq software-properties-common python-software-properties module-init-tools
!add-apt-repository -y ppa:alessandro-strada/ppa 2>&1 > /dev/null
!apt-get update -qq 2>&1 > /dev/null
!apt-get -y install -qq google-drive-ocamlfuse fuse
from google.colab import auth
auth.authenticate_user()
from oauth2client.client import GoogleCredentials
creds = GoogleCredentials.get_application_default()
import getpass
!google-drive-ocamlfuse -headless -id={creds.client_id} -secret={creds.client_secret} < /dev/null 2>&1 | grep URL
vcode = getpass.getpass()
!echo {vcode} | google-drive-ocamlfuse -headless -id={creds.client_id} -secret={creds.client_secret}

Этот код вернёт ссылку и выдаст окно ввода. Нужно перейти по ссылке, скопировать код и ввести его в окно. Мне почему-то приходится делать это два раза. Дальше:


!mkdir -p drive
!google-drive-ocamlfuse drive

После этого можно использовать свой Гугл-диск как обычный каталог. Кроме того, все изменения в этом каталоге автоматически синхронизируются с Гугл-диском.

Установка Keras:

!pip install -q keras
import keras

Установка PyTorch:

from os import path
from wheel.pep425tags import get_abbr_impl, get_impl_ver, get_abi_tag
platform = '{}{}-{}'.format(get_abbr_impl(), get_impl_ver(), get_abi_tag())
accelerator = 'cu80' if path.exists('/opt/bin/nvidia-smi') else 'cpu'

!pip install -q http://download.pytorch.org/whl/{accelerator}/torch-0.3.0.post4-{platform}-linux_x86_64.whl torchvision
import torch

Сменить рабочий каталог:

import os
os.chdir("/path/to/wdir")

Стереть все изменения и перезапустить машину:

!kill -9 -1

Загрузить файл на локальную машину:

from google.colab import files
files.download('file.ext')

Получить словарь из файлов, загруженных на Гугл-диск:

from google.colab import files
uploaded = files.upload()

Приглушить вывод команды терминала (перенаправить в переменную):

lines_list = !pwd

В целом, Google Colaboratory предоставляет неплохую возможность производить обучение нейросетей в облаке. Правда, этого может быть недостаточно для совсем больших сеток. Другой плюс — это возможность запускать код независимо от локальной операционной системы (что хорошо для воспроизводимости), а также совместно работать над одним проектом. В качестве подвоха — GPU может быть недоступна, в том числе надолго.

Tags:

Hubs: