DrawMeshInstancedIndirect — это всего лишь команда на рендер, а не сам рендер. Занимать много никогда не будет. А вот педалящий WaitForPresent показывает, что GPU не успевает выполнять команды CPU и ЦПУ приходится ждать. Это и делает драйвер в Present’e.
Миллион спрайтов при 120 с лишним fps