в конфиге описываются 2 докер контейнера zookeeper и kafka, для кафки маунтится ./ в директорию контейнера /etc/kafka плюс контейнеры на сколько я понимаю по умолчанию маунтят себе директории для хранения конфигов и сериализованных данных (но это не точно). Вроде и вся магия
Spring Boot + Apache Kafka и SSL в Docker контейнере