О чем речь.
Xmarks — синхронизация, бекап закладок
Fast Dial — визуальные закладки (окно быстрого доступа)

Проблема. Сами по себе Xmarks и Fast Dial работают как часы. Проблема возникнет в случае, когда вы захотите добавить в Fast Dial дома одни закладки, а на работе другие — Xmarks без зазрения совести синхронизирует ваши закладки к одному виду.

Первое, что приходит на ум: «Xmarks» поддерживает профили! Идем в настройки Xmarks (ПКМ на значке в строке статуса -> «Мой Xmarks»), логинимся на сервере, жмем на Sync Profiles, создаем два профиля (кнопочка «Add»), например Home и Work. Если вы до этого уже синхронизировали закладки, то в списке закладок в правом окошке уже есть папка Fast Dial, она отмечена галочкой в обоих профилях, а это значит, что и дома и на работе у вас будет один и тот же набор закладок. Снимаем галочку, что логично — не синхронизируем эту папку и в двух браузерах у нас будет свой набор закладок. Не тут то было! Для Xmarks отсутствие галочки в профиле значит, что этой папки не должно быть у пользователя и входе своего нелегкого труда сносит папку в обоих браузерах. А с учетом того, что синхронизация по умолчанию происходит при закрытии браузера, а при открытии, удивленный, Fast Dial не находит своей папки и создает ее повторно, кажется что после перезапуска браузера она просто очищается.

Выход из ситуации. Перепробовав разные способы, пришел к главному выводу — перед работой нужно зачистить поверхность напильником, т.е. привести оба браузера к некому начальному состоянию. Такая подготовка вызвана своеобразной логикой работы Xmarks, невозможностью явно указать корневую папку для Fast Dial и для элементарной сохранности данных.

Первым делом на сервере Xmarks удаляем папку(и) Fast Dial
Создаем в закладках временную папку, куда копируем закладки из папки «Fast Dial» — в случае если Xmarks еще с ней не поработал;
Переименовываем папку «Fast Dial», например «Fast Dail Home»;
Копируем в нее закладки из временной папки (временную папку лучше оставит пока все точно будет работать — мало ли что);
Заходим в Xmarks и нажимаем кнопку «Синхронизировать», именно ее, не «Загрузить» или «Отправить»;
Заходим на сервер Xmarks в настройки профилей, кликаем по профилю «Work» и снимаем галочку с папки «Fast Dial Home»;
Тоже самое делаем на второй машине, соответственно изменив Home на Work и на оборот;

После этих операций можно снова включить синхронизацию, изменять коллекции закладок отдельно для каждой машины, менять настройки и т.д.

Настраиваем совместную работу Xmarks и Fast Dial для Firefox