Если в подключаемых данных будет храниться кеш, он будет обновляться заметно чаще, чем файлы кода. А как известно, при инклуде нового файла с opcode-кешированием времени тратится в 2-3 раа больше чем без него. Так что результат будет очень сильно зависеть от частоты обновления кеша.
Как сказано выше, сразу ясно, что парсер unserialize будет работать быстрее. Это понятно и без тестов. Но главная проблема в том, что проводить подобные тесты без акселератора банально не имеет смысла.
Ну при подключении php-файла, ещё не известно что в нём находится, поэтому надо проверять весь синтаксис на валидность, а при unserialize синтаксис гораздо проще. Ну и php-файл — это какой-то код, который кроме загрузки ещё надо выполнить, а unserialize — это какая-то структура данных, которую надо просто загрузить.
В принципе всё логично и понятно, результаты ожидаемы.
unserialize vs include