Comments 21
Кислород красный, потому что от него огонь горит.
Азот синий, потому что из него состоит атмосфера, а небо голубое — это версия от меня, а вот от моих студентов: жидкий азот холодный, от холода посинел.
Разумеется, это всего лишь шуточные мнемонические правила.
Мне, как биологу, атомы кроме C H O N S P встречаются редко и обычно один-два на всю молекулу. Можно навести мышь и понять, что´ это. Я все равно не запомню, какого цвета бериллий, а какого неон, просто потому, что никогда их не встречаю. Возможно, из каких-то таких соображений никто и не заморачивается единой схемой.
Красный цвет кислорода также может быть вдохновлён ржавчиной и красной артериальной кровью (тоже из-за "ржавчины", хех). Неон, очевидно, неонового цвета!
Кислород красный, потому что от него огонь горит.
Азот синий, потому что из него состоит атмосфера, а небо голубое — это версия от меня
Прикольная мнемоника. Надо запомнить :)
Возможно, из каких-то таких соображений никто и не заморачивается единой схемой.
Не, для биологов это действительно не так важно, вам и CPK более чем достаточно (тем более, что она под нужды биохимии и создана). А вот химикам и физикам, ой как надо, поскольку у нас есть весьма ненулевой шанс встретить в работах любой из элементов.
у нас по-сути до сих пор нет ни одного стандарта
Есть стандарты на цветовую маркировку газовых баллонов https://en.m.wikipedia.org/wiki/Bottled_gas
Отличная статья! Особенно, понравились выводы, постановка проблемы и призыв попробовать её решить. Честно, пока не знаю решение, но точно над этим подумаю.
Цвета — это хорошо. Но знаете что ещё лучше подходит для людей с проблемами зрения? Паттерны! Согласитесь, для различения очень помогает наличие кружочков, штриховки и прочей геометрии. В целом, идея сделать доступные схемы это всегда очень круто.
Да! А ещё подписи :) Но одно не исключает другого, и, поскольку паттерны будут требования создания новых программных решений (насколько мне известно, большинство софта для визуализации молекул не имеет возможностей по добавке паттернов на атомы), начинать надо с малого. А для паттернов, для начала, создавать новый и апдейтить старый софт :)
Дициан = Cyanogen = Синерод. Создатели модели о выборе цвета для азота даже не задумывались.
ИМХО, нет необходимости срочной ревизии существующей модели, поскольку построение пространственной модели имеет огромное значение для органики и биохимии, где гетероатомов, прямо скажем, немного, и весьма скромное - для остальных направлений.
Кроме того, для ряда элементов вообще нет смысла подбирать условные цвета, поскольку в моделях они не участвуют (He, Ne, Ar и т.п.); а для большинства металлов целесообразнее подбирать серебристый шарик с подписью (Mg, Al, Zn, и т.п.) - ну какова вероятность встретить в одном органическом соединении одновременно магний и цинк? )))
А за статью - огромное спасибище!
ИМХО, нет необходимости срочной ревизии существующей модели, поскольку
построение пространственной модели имеет огромное значение для органики и
биохимии, где гетероатомов, прямо скажем, немного, и весьма скромное -
для остальных направлений.
Насчёт биохимии, может и правда, там разнообразие (статистически) невелико. Но сказать, что этими двумя областями всё и ограничивается, это значит очень сильно провраться. Астрохимия, где гелий, как второй по распространённости во Вселенной элемент, химия плазмы, где инертные газы часто используются, металлургия, где во всяких сплавах встречается чёрт знает что (в ICSD 272 тысячи структур), и даже элементорганика (в CCDC 1.2 миллиона структур), всё это существует в реальной практике, и все эти области (особенно кристаллография неорганики) тоже активно использует визуализацию структур.
Кроме того, для ряда элементов вообще нет смысла подбирать условные
цвета, поскольку в моделях они не участвуют (He, Ne, Ar и т.п.);
У кого-то не участвуют, а у кого-то очень даже участвуют. Мне в последних двух статьях из трёх нужны были и гелий, и неон. Или, например, гелиевые нанокапли и матричная изоляция в замороженных инертных газах -- это одни из главных методов спектроскопии химически малостабильных интермедиатов химических реакций.
ну какова вероятность встретить в одном органическом соединении одновременно магний и цинк? )))
Даже в биохимии она ненулевая, т.к. и цинк и магний -- это одни из важных компонентов живых систем. Ну а если мы посмотрим на сплавы...
Или, например, гелиевые нанокапли и матричная изоляция в замороженных инертных газах -- это одни из главных методов спектроскопии химически малостабильных интермедиатов химических реакций.
Снимаю шляпу.
"...В одном органическом соединении..."
Даже в биохимии она ненулевая, т.к. и цинк и магний -- это одни из важных компонентов живых систем.
Пример сможете, коллега? ))
"...В одном органическом соединении..." - "Ну а если мы посмотрим на сплавы..."
Ну здесь вы, наверное, просто отвлеклись и фокус внимания на минутку утеряли )))
По поводу наличия именно и цинка и магния не скажу, но 2 металла в каком-нибудь ферменте – вполне. Гидрогеназа например может иметь NiFe реакционный центр или супероксиддисмутаза с CuZn
Пример сможете, коллега? ))
Простите, по всей видимости, всё же не коллега (я не био.\+[г,к]). Про магний я знаю, что он в хлорофилле содержится и во всяких БАДах. Про цинк знаю тоже только то, что он где-то в энзимах есть и в БАДах. Так что, видимо, таблетка какого-нибудь БАДа? XD
Ну здесь вы, наверное, просто отвлеклись и фокус внимания на минутку утеряли )))
Нет не потерял, а нечётко описал. Моя мысль была в том, что органикой и биохимией, химия далеко не исчерпывается.
Дициан = Cyanogen = Синерод. Создатели модели о выборе цвета для азота даже не задумывались.
А, Вы правы, азотные красители и прочее. Спасибо :) как-то и забыл.
А за статью - огромное спасибище!
Вам спасибо за прочтение!
Новая схема приятная, исключая тёмно фиолетовый. На чёрном фоне его довольно сложно разглядеть.
Было бы прикольно иметь возможность накатывать свои цветовые схемы, как программисты со своими редакторами кода делают.
И что из этих цветов, спрашивается, считать цветом водорода?!
Если помножить каждую линию на функции цветового соответствия, то получится синий.
вместо модели RGB можно использовать что-то из альтернативных вариантов: sRGB, CMYK, HSB и т.д.
Обратите внимание на CIELAB, эта модель учитывает особенности цветового восприятия человека. Для большинства людей эта модель может помочь "растащить" цвета ещё больше. А для людей с разными особенностями цветового восприятия, наверное, можно найти уже опубликованные вариации этой модели.
За статью — спасибо. Понравился подход с учётом корреляции сочетания атомов в молекулах для поиска наиболее различимых вариантов отображения.
Для интересующихся: полный набор рекомендованных цветов визуализации для всех атомов таблицы Менделеева, из популярной библиотеки для атомного моделирования.
Какого цвета атомы?