SOAP, генерация прокси класса

Совершенно верно. Вторая операция wsdl->php опциональна и выполняется исключительно ради удобства.

Визуализация графов с помощью библиотеки arbor.js

Простота использования манит использовать этот метод. Я в своё время сталкивался с подобной задачей, но мне нужно было работать с сетями Петри (Для этих целей использовал Raphaël). Если нужно рисовать только графы — хорошо, но если понадобится внести в эти графы что-то большее, мне кажется появятся трудности.